군사재판소는 군대와 사회안전기관에, 철도재판소는 철도운수부문에 조직되어 있다. 군사재판소는 조선인민군 및 조선인민경비대 군인이나 인민보안원이 범한 죄, 군사기관·사회안전기관의 종업원이 범한 죄, 기타 법에 의하여 그 관할에 속하는 범죄사건을 관장한다. 철도재판소는 철도운수부문의 종업원이 범한 죄와 철도운수사업의 정상적 활동을 침해한 범죄사건을 관장한다.
2009년 4월 개정된 북한 사회주의 헌법 161조에 따르면 특별재판소의 소장과 판사는 중앙재판소에서 임명·해임한다. 특별재판소의 인민참심원은 해당 군무자회의나 종업원회의에서 선거한다. 특별재판소는 재판과 행정에 관하여 중앙재판소의 감독과 지도를 받는다.
북한의 재판제도는 통상 2심제로 되어 있어 1심 재판부는 직업판사 1명과 일반인인 인민참심원 2명으로 구성되며, 2심 재판부는 직업판사 3명으로 구성된다. 특별재판소의 제1심 판결 또는 판정에 대한 상소 및 항의사건은 중앙재판소에서 판사 3명으로 구성된 재판부에서 재판을 하는데 이것이 최종심이다.
군사재판소의 경우 군사상 범죄사건을 관할하며 기타 국가보위, 사회질서 및 국가안전을 위하여 일반재판소가 활동할 수 없는 지역에서 범죄를 관할한다. 군사재판소는 판사 3인으로 구성되거나, 판사인 재판장 1명과 해당 군사령관이 선출한 참심원 2명으로 구성된다. 판사와 인민참심원의 임명과 해임은 최고인민회의 상설회의에서 하지만 특별재판소의 판사 및 참심원은 중앙재판소장이 임명·해임한다. 중앙재판소장은 최고인민회의에 의해 임명되기 때문에, 실제로 특별재판소는 당의 영도를 받는 중앙재판소의 통제를 받는다.