1689년(숙종 15) 2월 기사환국이 일어난 후, 정권을 잡은 남인들은 3월 17일 문묘(文廟)에 배향되어 있던 율곡(栗谷) 이이(李珥)와 우계(牛溪) 성혼(成渾)의 출향을 건의하자 다음날 숙종이 그것을 재가하였다. 이로써 서울의 성균관과 전국의 향교에 봉안되어 있던 두 사람의 위판(位版)을 문묘에서부터 축출하고 제사를 폐지하였다. 그러나 1694년(숙종 20) 3월 갑술환국이 일어나자, 서인들이 두 사람의 문묘 배향을 주장하여 그해 6월에 복향되었다.
율곡 이이를 문묘에 배향하자는 의논은 인조반정(仁祖反正) 다음 해인 1624년(인조 2)에 서인이 주도한 조정에서 처음으로 건의되었고, 1635(인조 13)에는 송시형(宋時瑩) 등의 유생들이 성혼과 아울러 양현(兩賢)의 종사를 상소하였다. 그러나 인조는 ‘두 사람의 평판에 논란이 있다’ 하여 허락하지 않았다. 이후 서인들은 지속적으로 배향을 요청하였으나, 남인들은 이이가 불교에 빠진 전력과 성혼의 왜란 시 과오를 들어 반대하였다. 두 사람의 종사는 이후 50여 년간 서인과 남인들 간의 당론으로 논쟁이 지속되다가 1680년(숙종 6) 경신환국(庚申換局)으로 남인들이 일망타진되자 1682년(숙종 8)에 와서 비로소 이루어졌다.
이 양현의 문묘종사를 주동한 사람은 훈척(勳戚)이었던 김석주(金錫冑)와 우암(尤庵) 송시열(宋時烈)이었다. 문묘 종사는 유생들의 공론에 의해 진행되는 것이 관례였는데, 훈척이 직접 이를 주동했다는 것은 매우 특이한 일이었다. 이 때문에 6년 후에는 남인들에 의해 간단히 출향(黜享)되는 구실이 되었다.
1689년(숙종 15) 2월에 경종(景宗)을 원자로 정한데 대하여 송시열(宋時烈)이 반대 상소를 올려 숙종을 격분시킴으로써 기사환국(己巳換局)이 일어나 남인이 정권을 잡았다. 이는 평소 이이와 성혼의 문묘 배향에 불만을 품고 있던 남인들이 두 사람을 출향시킬 수 있는 기회가 되었다. 환국으로 정권을 잡은 남인들은 곧 이이와 성혼의 문묘 출향을 추진하였다. 3월 14일 대사간 권해(權瑎)와 헌납 이현조(李玄祚)가 출향을 발론하였다. 17일에 영중추부사였던 서인 이상진(李尙眞)이 이를 비판하고 반대하였으나, 숙종은 다음날 바로 출향을 결정하여 반포하였다.
이후 서울의 성균관과 지방의 향교에서 두 사람의 위판을 퇴출시키는 조치가 단행되었으나 일부 지방의 향교에서는 이를 거부하고 출향을 시행하지 않은 곳도 많았다. 이에 남인 정권은 수시로 이를 단속하는 조치를 취하였다.
5년 후인 1694년(숙종 20) 3월에 갑술환국(甲戌換局)이 일어나 서인이 재집권하자, 그들은 곧 두 사람을 다시 문묘에 배향하자는 주장을 하여 그해 6월에 복향(復享)이 이루어졌다. 이때도 남인 측 사림에서 반대하는 상소가 많았지만, 서인들은 그들을 처벌하고 복향을 관철하였다.
1682년(숙종 8) 양현(兩賢)으로 지칭된 이이와 성혼의 문묘 배향, 1689년(숙종 15)의 철향, 그리고 1694년(숙종 20)의 복향은 서인과 남인 간의 당쟁 향배와 추이를 같이 하였으며, 많은 정치 사회적 분란과 갈등을 유발하였다. 갑술환국 이후 서인의 장기 집권이 이루어지자 두 사람의 문묘 종사에 대한 반대 논의는 결국 종식되었다.