1623년(인조 1) 3월 반정에 의해 인조(仁祖)가 즉위하여 선조의 대통을 잇게 되자 종통상의 문제가 일어나게 되었다. 광해군(光海君)은 왕위를 잃고 종통에서 축출되었으므로, 인조가 손자로서 조부인 선조의 대통(大統)을 직접 계승하게 된 것이다. 이러한 사태에 대해 산림학자였던 박지계(朴知誡)가 종묘에 아버지 자리가 없는 것을 문제로 여기고, 생부 정원군(定遠君) 이부(李琈)를 왕으로 추존하여 대통의 빈자리를 채울 것을 주장하였다. 이 문제는 반정 직후 정원군 가묘(家廟)에서의 축문 칭호에서 비롯되어, 1626년(인조 4) 1월 계운궁의 상사(喪事) 때 복제(服制) 문제 등으로 격화되었다.
결국 1628(인조 6)부터 인조와 신하들은 본격적인 추숭(追崇) 논쟁에 들어가게 되었다. 4년간의 격론과 우여곡절 끝에 1632년(인조 10) 5월 인조는 독단으로 추존을 결정하고 정원군을 원종대왕(元宗大王)으로, 계운궁(啓運宮) 구씨(具氏)를 인헌왕후(仁獻王后)로 추존하였다. 처음에는 두 신주를 별묘(別廟)에 안치하였다가 1635년(인조 13) 3월에 종묘(宗廟)에 승부함으로써 추숭 전례가 끝나게 되었다.
1623년 3월 인조가 무력을 동원하여 광해군을 왕위에서 축출하고 자신이 즉위하는 반정(反正)을 일으켰다. 인조는 선조(宣祖)의 후궁 소생 왕자였던 정원군의 아들로서 서손자라고 할 수 있다. 광해군은 반정에 의해 왕위를 잃고 종통에서 축출되었으므로, 인조가 손자로서 선조의 대통을 직접 계승한 것으로 간주되었다. 그러나 종묘에 아버지의 자리가 비게 되는 문제가 남게 되었고, 정원군 가묘에서의 칭호 문제, 생모 계운궁 상례(喪禮) 때의 상복 문제 등 여러 가지 문제가 노정되어 조정에 커다란 논란이 제기되었다. 특히 반정 초기에 산림학자로서 서울에 초빙되어 왔던 김장생(金長生)과 박지계 사이에 논란이 풍파를 일으켰다.
김장생은 왕실의 예법은 사대부와 다른 특수성이 있으므로 손자인 인조가 조부인 선조의 대통을 직접 계승할 수 있고 종묘에 아버지 자리가 없는 것은 아무 문제도 없으며, 생부인 정원군은 백부나 숙부로 간주해야 한다고 주장하였다. 반면 박지계는 사대부의 예법이나 왕실의 예법은 그 정신이 다르지 않으므로 손자가 조부의 대통을 직접 계승할 수는 없으며 종묘에 아버지의 자리를 비우는 것은 불가하므로 정원군을 추존하여 대통의 빈자리를 채워야 한다고 주장하였다. 이 문제는 반정 직후 정원군 가묘에서 고유할 때의 축문 칭호 문제에서 비롯되어 1626년(인조 4) 1월 계운궁의 상사(喪事) 때 상복 문제 등으로 격화되었으며, 결국 1628(인조 6)에 본격적인 추숭(追崇) 논쟁에 들어가게 되었다.
1626년(인조 4)의 계운궁 복제 논쟁은 원종추숭에 대한 찬반 이론을 심화시켰고, 왕과 신하들, 공신계와 비공신계 관원들 사이에 치열한 논쟁과 갈등이 일어나게 되었다. 원종추숭을 추진한 세력은 인조와 대부분의 반정 공신들이었고, 반대한 쪽은 대부분의 일반 관료들과 유학자들이었다. 1630년부터는 성균관과 사학(四學)의 학생들, 그리고 지방 유생들까지 참여하는 대대적인 예론으로 발전하였다.
이후 3년여의 논쟁 끝에 1632년(인조 10) 5월에 인조는 독단적으로 추존을 결정하고 정원군을 원종대왕으로, 계운궁 구씨를 인헌왕후로 추존하였다. 처음에는 두 신주를 별묘에 안치하였다가 1635년(인조 13) 3월에 종묘에 승부함으로써 추숭 전례가 끝나게 되었다.
인조는 대부분의 관료와 학자들의 반대를 무릅쓰고 생부와 생모를 왕과 왕후로 추존하여 종묘에 승부하였다. 이는 선조와 자신의 대통 관계를 자연스럽게 정리하여 정통성을 확립할 수 있었고, 이것이 쿠데타로 즉위한 그의 왕권을 안정시키는데 어느 정도 도움이 되었다. 그러나 이 문제로 조정이 분열되었고, 왕실의 전례 논쟁이 정쟁으로 비화하는 선례를 남기게 되었다.