1980년 10월 기공식을 가진 뒤 1984년 11월 일곱 번째의 국립 박물관으로 개관하였다. 진주는 임진왜란의 최대 격전지인 진주성 전투가 있었던 곳으로 촉석루 · 쌍충사적비 등 많은 임진왜란 유적들이 남아 있다. 이러한 유적과 유물들의 과학적인 보존과 전시의 필요성이 꾸준히 제기되어 왔다. 1996년부터 본격적인 전시 체제를 개편하여 1998년 1월 15일 기존의 가야 문화 위주의 박물관에서 임진왜란 전문 역사박물관으로 재개관하였다.
진주박물관은 우리나라의 전통 문화를 상징하는 탑의 선을 우리의 고건축 양식으로 조화시킨 현대식 건물이다. 연건평 1,497평, 지상 2층이며, 전시실은 상설 전시실(임진왜란실)과 기획 전시실(두암실)로 이루어져 있다.
전시 활동 외에 유적 발굴이 활발하게 이루어져 왔는데 거창말을리고분군(1985), 합천죽죽리폐사지(1985), 통영연곡리패총(1988·1989·1990), 통영욕지도패총(1988∼1989), 고성율대리고분(1989), 창녕여초리요지(1990·1991·1993), 통영연대도패총(1991∼1992), 진양무촌리폐고분(1991), 창원상곡리와요지(1991), 진양무촌리고분군(1993), 고성동외리패총(1995), 하동목도리유적(1996), 남강댐 수몰지역내 대평리 옥방1지구(1997), 진주성내 선화당터(1997) 등 20여 건을 조사하였다. 또한 1998년까지 거창 말흘리, 통영 욕지도, 창녕 여초리, 통영 연대도 유적 등 10책의 조사 결과 보고서를 발간하였다. 그리고 조사 및 연구 활동이 미흡한 서부 · 내륙 경상남도의 문화 · 역사 연구에 기여하고 있다.
한편 다양한 사회프로그램을 실시하고 있는데, 초등학생과 그 어머니가 참여하는 박물관, 중 · 고생 및 성인을 대상으로 우리의 문화를 다양하게 소개하고 중요 문화 유적을 답사하는 문화 강좌 및 박물관대학, 문화재사랑 사생 대회를 개최하여 자라나는 청소년들에게 국가유산에 대한 올바른 인식과 정서 함양, 가치관 정립에 많은 도움을 주고 있다.
기구는 관장 아래 기획운영과와 학예연구실을 두고 있다. 기획운영과는 학예 분야 이외의 모든 관리 행정 업무를 담당하며, 학예 연구실은 소장 유물의 보존 관리 및 전시, 유적의 발굴 및 지표 조사, 자료의 수집과 연구 그리고 우리 문화와 국가유산에 대한 사회 교육 활동을 담당하고 있다.
유물은 현자총통(보물, 1986년 지정)을 비롯한 3,500여 점을 소장하고 있으며 이 가운데 460여 점이 전시되어 있다. 특히 임진왜란 관련 무기류, 전적 및 서화류, 도자류 등은 국내 · 외 여러 곳에 분산 소장되어 있는 많은 유물들을 한곳에 모아 다양하게 전시함으로써 임진왜란 연구자 및 일반 관람자들에게 임진왜란에 대한 이해를 돕고 있다.
두암실(김용두실)은 재일동포 김용두가 1997년부터 3차례에 걸쳐 179점을 기증하였고 그 중에 100여 점을 전시하고 있다. 전시 유물 중에는 「소상팔경도(瀟湘八景圖)」 등의 회화와 분청사기, 청화백자 등 도자류를 비롯하여, 금속 · 목제품 등은 조선시대 미술을 이해하는데 중요한 유물이다.
이외에도 ‘임진왜란문물전’(1985.10.∼1987.8.), ‘조선시대풍물사진전’(1986), ‘한국전통매듭전’(1987), ‘통일신라문물전’(1987), ‘조선도자특별전’(1989), ‘문화재그림특별전’(1990), ‘고대의소리특별전’(1992.11.2.∼12.5.), ‘김용두옹수집문화재 귀향특별전’(1994) 등의 기획전을 열어 지역 주민들에게 폭넓은 문화를 향유할 수 있는 기회를 제공하여 왔다.
국립 박물관 중 최초의 전문 역사박물관으로 새롭게 태어난 진주박물관은 종전의 가야 박물관으로서의 지역적인 면모를 갖고 있는 박물관에서, 역사의 한 주제를 폭넓게 전시하는 전문 박물관으로 특성화되었다. 임진왜란에 관련된 학술 연구 · 조사 및 특별 기획전을 활성화함으로써 지역 문화 창달에 밑거름이 되고 있다.