알기 쉬운 표현으로는 나무를 심고 표찰을 붙여서 일반에게 공개하는 곳이다. 따라서, 나무를 심어서 가꾸는 것만으로는 수목원이라고 할 수 없고 반드시 나무에 표찰을 달아서 일반에게 공개하여야만 수목원이라고 할 수 있다.
식물원도 같은 목적을 지니고 있으나 수목원에서는 목본식물을 주로 하고 초본류에서는 다년초를 일부 다루고 있는 것이 다르다. 그러나 수목원과 식물원은 같은 목적과 같은 방법으로 경영하고 있으므로 구별할 수 없다.
식물원에서도 적절한 곳에 관상가치가 높은 수종이나 희귀수목을 배치하여 찾는 사람들의 시선을 끌게 하고, 보다 아름다운 휴식공간을 조성하여 자연의 아름다움을 마음껏 즐길 수 있도록 하고 있다. 따라서, 식물원과 수목원의 차이는 이를 표기하는 낱말의 차이일 뿐이다.
일반적으로 수목원이 식물원보다 넓은 면적을 차지하고 있으나 영국의 큐식물원은 120㏊이고 미국의 아놀드 수목원은 96㏊인 점 등 면적이 크고 작은 것만으로는 구별하기 어렵다.
수목원이나 식물원은 인류발전 과정에 있어서 인간의 시선을 자연으로 끌어들이는 매체가 되어 진귀한 것을 보다 가깝게 할 수 있도록 하여 자연애호에 대한 뿌리를 내릴 수 있도록 하였다.
자연에 의존하여 삶을 유지하고 있는 인류는 자연보호의 중추역할을 하고 있는 수목원의 중요성을 깨닫고 1954년 파리에서 국제식물원연합회(수목원 포함)를 조직하여 보다 적극적인 활동을 펴기로 하였다. 지금까지 설치된 각국의 수목원과 식물원의 수를 보면 현재에 나타나고 있는 국력과 정비례하고 있다.
즉, 미국이 가장 많고 소련이 뒤따르며 서독·영국·프랑스 및 일본의 순으로 나타난다. 우리 나라에서는 1907년부터 서울대학교 농과대학 구내에 교재용 수종을 심기 시작하였다. 1922년에는 산림청 구내에 같은 시도가 있었으나 수목원이라는 정식명칭은 없었고 견본원이라고 불렀다.
1967년 서울대학교에서는 서울대학교 규칙 제94호로서 서울대학교 농과대학 부설 관악수목원을 설치하도록 결정하였다. 1969년에 관악수목원 보고서 제1호가 발행되고 1970년부터 종자목록을 발행하여 20여 개국에 배부하였다.
1971년 6월 10일 대통령령 5666호로 서울대학교 부속수목원 설치가 공포됨으로써 비로소 수목원 설치에 대한 법적 기반이 마련되었다. 1922년 산림청 구내에 설치된 수목원은 심기 시작한 수종의 수가 점차 많아짐에 따라 견본원에서 수목원으로 바뀌어졌으나 아직 정식명칭은 없다(가칭 홍릉수목원이라고 한다.).
근래에는 광릉시험림의 일부를 수목원으로 조성함과 동시에 홍릉에서 자라는 나무의 일부를 이식하고 온실을 설치하였으나 수목원이라는 명칭 대신에 1987년부터 산림박물관이란 이름을 달고 있다. 언젠가는 국립수목원으로 발전하리라고 본다. 민간인에 의해 처음으로 설치된 것은 충청남도 태안군 천리포에 자리잡은 천리포수목원이다.
약 68㏊의 면적 중에서 적지를 골라 외국수종을 심기 시작하였다. 따뜻한 해변가에 자리잡고 있어 많은 상록활엽수를 기르고 있는데 외국수종 수에 있어서는 우리 나라에서 가장 많은 수를 소유하고 있으며, 특히 목련속과 감탕나무속 수종에 있어서는 국제적인 수준에 달하였다.
한국전력공사에서 1981년부터 경기도 가평읍에 설치하기 시작한 호명고산식물원은 파괴된 자연환경 복구의 일환으로 시작하였다. 위치의 선정과 착상 등은 좋았으나 투자와 인적 자원 빈곤으로 기대에 부응되지는 못하고 있다. 그러나 당초의 계획대로 시공된다면 국제적인 명물의 하나가 되리라고 본다.
우리 나라에서는 식물원연합회를 조직하지 못하다가 1989년 한국자연보존협회의 요청으로 6월에 조직하였다. 국제자연보존연맹 산하에 국제식물원연합회가 있으므로 이 산하에 들어갈 수 있는 길이 트였다.