1936년 5월 왜관 천주교회의 프랑스인 주임인 리처드(Richard, R.) 신부가 취학기회를 잃은 소녀들의 교육을 위해 사설학술강습소인 소화여자학원(小花女子學院)으로 설립하였다.
수업연한 4년의 보통과로 출발, 80여 명의 신입생을 모집하였으며, 그 뒤 성적이 우수하고 나이가 많은 학생 24명을 선발, 2학기부터 2학년으로 월반시켜 1939년에 제1회 졸업생을 배출하였다. 교과목은 수신·국어·한문·산술·재봉·수예·창가·도화·교리 등을 가르쳤다.
광복과 함께 학원을 중등교육기관으로 개편하기 위해 1945년 12월 본당 관할내 신자대표들로 순심여자중학교 설립기성회를 조직, 정재문 등 신자들로부터 교육재단 설립을 위한 기금 및 토지를 희사받았다. 이에 따라 1946년 5월에 6학급 300명의 순심여자초급중학교로 설립인가를 받아, 같은 해 9월 여학생 1학급 44명을 선발하여 입학식을 가졌다.
남학생들의 입학요망에 부응하여 같은 해 11월에 남녀공학의 순심초급중학교로 개편하였다. 1947년 6월에 재단법인 순심교육재단이 설립되었으며, 초등교육을 담당해 온 순심여자학원은 1947년 8월 마지막 수료생을 냄으로써 11년간 500여 명의 졸업생을 배출하고 발전적으로 폐지되었다. 1951년 8월에 순심중학교로 교명이 변경되었고, 1952년 3월에 순심고등학교가 설비되었다. 1955년 4월에는 학교의 경영을 성 베네딕토 수도원에서 인수하였다. 1975년 3월에 순심여자고등학교가 분리 운영되었고, 1978년에 순심여자중학교가 분리 운영되었다.
1981년 10월 24학급이 증설되었고, 1992년 5월에는 개교 46주년 기념 및 강당을 준공하였으며, 1998년 10월 웅비관(생활관)이 준공되었다.
2008년 3월에는 순심중학교와 고등학교가 분리 운영되었고, 2008년부터 2010년까지 경상북도 지역중심학교로 선정되어 운영하고 있다.
2010년 3월 현재 24학급에 재학생수는 711명이며, 교직원은 54명이다. 졸업생은 56회(2011) 졸업식까지 총 1만 3,028명을 배출하였다.
건학이념은 가톨릭 정신을 바탕으로 ‘진리를 탐구하며 심신과 기능을 연마하여 지, 덕, 체를 겸비한 미래 지향적인 봉사하는 민주 시민을 육성’ 배양하는데 목적을 두고 있으며, 교명 ‘순심’은 거짓없이 참되고 섞임이 없이 깨끗하고 하자가 없이 온전한 마음을 나타내고 있으며, ‘가톨릭 정신에 입각한 생각하는 사람, 실행하는 사람, 봉사하는 사람’을 양성하고자 하는 교육목표의 기본이 되고 있다.
학생활동으로는 2009년에서 2010년까지 전국고교 구간마라톤 공주대회 2연패 및 전국 코오롱 고교 구간마라톤 대회 우승 등의 실적을 거두었다. 특색사업으로는 순심 관악부가 2000년 교육재단, 총동창회, 지역주민의 도움으로 재창단하여 2006년부터 2010년까지 음교주최 전국학생음악경연대회 실내악부문에서 5연패를 달성하는 쾌거를 거두었다.
한편 ‘세계인을 양성하는 일어나라’프로그램은 2004년도에 36개 각종 교육기관을 운영하는 서일본 최대의 명문학원그룹인 카게(加計)재단과 자매 결연을 맺고, 이에 효율적인 일본어 교육을 통해 급변하는 국제 사회에서 젊은이들이 더 넓은 세상에서 꿈의 나래를 펴기 위한 노력을 하고 있다. 그 밖에 독서지도, 인성교육, NO-3운동(휴대폰 사용안하기, 흡연예방, 학교폭력예방)등을 운영하고 있다. 대표적인 학생동아리 활동으로는 천체관측반과 고적답사반이 있다.