1437년(세종 19)에 현유(賢儒)의 위패를 봉안, 배향하고 지방민의 교육과 교화를 위하여 창건되었다. 1475년(성종 6)에 동곡옥리로 이전하였다가, 정유재란 때 모두 소실되어 1623년(인조 1)에 재건하였으며, 1656년(효종 7)에 현재의 위치로 이전하였다. 1689년에 명륜당 · 동재 · 서재를 개수하였고 , 제기고(祭器庫) · 포재소 · 대문 등이 지어졌다.
현존하는 건물로는 대성전 · 동무(東廡) · 서무(西廡) · 명륜당 · 동재(東齋) · 서재(西齋) · 내삼문(內三門) · 외삼문(外三門) · 고직사 등이 있다. 대성전에는 5성(聖), 송조2현(宋朝二賢), 우리 나라 18현(十八賢)의 위패가 봉안되어 있다. 건축형태는 전학후묘(前學後廟)이다. 진도향교에는 문선왕비가 따로 세워져 있다. 대성전은 막돌로 쌓은 2m 높이의 축대 위에 지어졌고, 맞배지붕이다. 명륜당은 9칸 단층 팔작지붕 건물이다. 진도향교는 대성전만 있고 동방 18현을 모신 동무와 서무는 없다.
조선시대에는 국가로부터 토지와 전적 · 노비 등을 지급받아 교관이 교생을 가르쳤으나 조선 후기 이래 향교는 교육 기능이 쇠퇴하고 대신 선현에 대한 제향을 통한 교화 기능을 주로 담당하였다. 봄 · 가을에 석전(釋奠)을 봉행(奉行)하며 초하루 · 보름에 분향하고 있다.
이 향교는 1985년 전라남도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었으며, 현재 전교(典校) 1명과 장의(掌議) 수명이 운영을 담당하고 있다.