본관은 양천(陽川). 자는 공신(公愼), 호는 부훤(負暄). 허확(許確)의 증손으로, 할아버지는 대사헌 허흡(許洽)이고, 아버지는 허응(許凝)이며, 어머니는 신광수(申光守)의 딸이다.
1572년(선조 5) 춘당대문과(春塘臺文科)에 병과로 급제하였다. 현감 때부터 치적을 쌓고 1591년 공주목사가 되었다. 이듬해 임진왜란이 일어나자 금강을 굳게 지켜서 호서·호남 지방을 방어하는 데 공을 세웠다. 또한, 승장(僧將) 영규(靈圭)를 불러 도내의 승군을 뽑은 뒤 장수로 삼았고, 의병장 조헌(趙憲)과 함께 청주성을 탈환하는 데 성공하였다.
1593년 충청도관찰사가 된 뒤, 서울 수복을 위해 군대를 통진(通津)·독산성(禿山城) 등지로 주둔시키다가 도원수 권율(權慄)로부터 내포(內浦)가 풍년임에도 불구하고 군량을 충분히 확보치 못한다고 탄핵을 받아 파직되었다.
곧 이조의 요청과 유성룡(柳成龍)의 추천으로 형조참의에 임명되고, 청량사(請糧使)로 명나라에 건너가 산둥지방의 곡식 2만 2,700섬을 얻어왔다. 그 뒤 강계부사로서 여진족의 움직임을 정탐해 보고하였다. 이어 의주부윤·평안도관찰사·병조참판 등을 지냈으며, 1604년 이조판서가 되었다.
임진왜란 때 불타고 남은 역대의 실록을 다시 인출(印出)해 사고(史庫)에 봉안(奉安)할 때 지춘추관사(知春秋館事)로 활약하였다. 그 뒤 한성부판윤에 특별히 제수되었다가 다시 평안도관찰사를 거쳐 호조판서가 되었다. 1606년 우의정에 올랐고, 이어 좌의정이 되었다.
1608년(광해군 즉위년)에는 유영경(柳永慶)의 일파로 몰려 파직되었고, 이어 능창군 전(綾昌君 佺)의 추대사건에 관련되어 1616년(광해군 8)원주에 부처(付處)되었다. 1618년 유배지인 원주에서 죽었다. 인조반정 후에 관작이 복구되었고, 시호는 정목(貞穆)이다.