상주는 신라 9주, 고려 8목의 하나이고 조선시대 200여 년간 경상감영이 있었던 지역이다. 이 지역에 조상들의 슬기와 얼이 담긴 문화유산을 체계적으로 보존 관리하여 고귀한 자산을 후대에 길이 물려주는 문화공간으로, 그리고 역사의 산 교육장으로 활용하고자 박물관이 설립되었다.
1998년 4월 박물관 건립추진위원회가 발족되었고 2007년 11월 개관하였다. 이후 2008년 어린이체험실을 개관하였고, 2010년에는 별관에 세미나동을 건립하였다. 2009년에는 문화재청(현, 국가유산청)으로부터 문화재지표조사 전문기관으로 승인받았다.
부지 3만 5천㎡에 연면적 4,400㎡ 규모로 지하 1층, 지상 1층의 건물에 전시동, 교육보급시설, 관리동 등으로 구성되었고, 박물관 주변은 친환경 생태공원으로 조성되었다. 전시실은 상설전시실과 기획전시실로 이루어져 있다. 상설전시실은 ‘선사시대의 상주’, ‘사벌국과 신라’, ‘통일신라 · 고려시대의 상주’, ‘조선시대의 상주’, ‘근대의 상주’ 등 총 5개의 부분으로 나누어져 있다. 국내에서 가장 오래된 유적으로 추정되는 신상리 구석기유적 출토유물을 시작으로 상주지역에서 발굴조사된 고고학적 유물을 통해 선사시대의 상주를 보여준다. 사벌국과 신라문화의 구역에서는 강성했던 사벌국의 문화와 경주에서 발흥한 신라세력이 상주지역에 진출하면서의 변화과정을 살펴볼 수 있다. 그리고 통일신라시대와 고려시대의 상주에서는 화려했던 불교 문화와 도자기 문화를 소개하고 있다. 특히 서곡동에서 출토된 신해명동종과 금동보살입상, 1980년 보물로 지정된 상주 석조천인상 등이 대표적이다. 조선시대 상주의 유교문화에서는 여러 문중에서 기증 · 기탁한 유물을 중심으로 전시가 이루어졌다. 특히 1989년 각각 보물로 지정된 문신 조정(趙靖)의 임진란기록과 종가 문적을 포함하여 1980년 보물로 지정된 정기룡 유물, 지방문화재로 지정된 월간창석형제급난도, 노소재문적, 그리고 우복정경세, 식산이만부 등의 소중한 유물들도 전시되어 있다. 근현대의 상주에서는 지방민속자료로 지정된 동학교당 유물을 선보이고 있다. 월간창석형제급난도, 노소재문적은 1986년 경상북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.
기획전시실은 매년 2차례의 기획특별전을 개최하고 있으며, 타기관과의 공동 기획전도 기획하고 있다. 현재까지 총 7회의 특별기획전을 개최하였다. 그리고 야외에는 석등, 탑부재, 비석 등의 석조유물이 전시되어 있다.
교육사업으로는 성인들을 대상으로 하는 박물관 전통문화대학을 운영 중에 있으며, 어린이부터 고등학생들을 대상으로 박물관 학교도 매년 개최되고 있다. 특히 어린이문화재그리기 대회, 문화소외 지역 어린이초청 문화탐방 등 다양한 교육프로그램을 통해 활발한 박물관의 교육적 기능을 수행하고 있다.
조직은 관장 아래에 관리담당과 시설담당으로 구성되어 시설관리 및 방호, 소장유물 및 수장고관리, 유물구입 · 대여 · 기탁 · 유물보존처리 등의 업무를 분담하고 있다.