1946년 11월 6년제 당진중학교로 설립되어, 초대 교장에 김창하(金昌夏)가 취임하였다. 6·25전쟁 중 제1회 졸업생 41명을 배출하였으며, 1951년 9월 당진농업고등학교로 개편하여 농업과와 축산과를 설치하였다.
1956년 3월 당진상업고등학교로 다시 변경하여 보통과(인문과)와 상업과 2학급씩을 설치하였고, 1960년 2월 당진중학교를 병합하였다. 1960년부터 1964년까지는 경제적으로 어려운 시기여서 재적 학생수가 급속히 감소되어 보통과는 폐쇄되고 상업과만 존속하였다.
1965년부터는 보통과가 부활되어 상업과 2학급과 보통과 1학급의 총 9학급을 설치하였다. 1970년대 후반 산업화에 따라 보통과는 폐지되고 상업과만 설치하여 완전한 상업학교로 바뀌게 되었다. 1979년 3월 당진중학교와 분리되었으며, 1985년부터는 남녀공학으로 개편하여 남학생 4학급, 여학생 2학급의 총 18학급을 설치하였다. 설치학과는 상업과·회계과·정보처리과·무역과였으며, 1988년부터 회계과와 무역과가 폐지되고 상업과 2학급, 정보처리과 4학급을 모집하게 되었다. 1995년 부터는 설치학과에 남녀 구분을 폐지했으며, 1997년에는 상업과를 폐지하고, 사무자동화과 2학급을 설치하였다. 같은 해 8월에 당진정보고등학교로 교명을 변경하였다.
2001년 3월에는 사무화자동화과를 인터넷상거래과로 2006년 3월에는 인터넷상거래과를 회계정보과로 변경하였으며, 2006년 6월에는 특성화고등학교로 지정되었다.
교육목표는 ‘바른 인성을 갖춘 문화인 육성, 미래 핵심 역량을 갖춘 직업인 육성, 글로벌 시대를 선도하는 세계인 육성’이다. 특색사업으로는 ‘학생 맞춤형 취업 프로그램 운영을 통한 매력있는 특성화고 운영’ 등이 있다.
2010년 현재 각 학년별로 회계정보과 2학급․디지털경영과 4학급 등 6학급씩과 특수 2학급 등 총 20학급이 개설되어 남자 315명, 여자 245명 총 560명이 재학 중이다. 교원 40명과 일반 행정직 5명 총 45명의 교직원이 재직 중이다.