1946년 5월에 국립 부산대학으로 설립되었으며, 당시 부산수산전문학교를 통합한 수산학부와 인문학부를 두었다. 이듬해에 수산학부는 부산수산대학으로 분리되고, 1948년 7월 대신동 교사에서 문리학부 · 법학부 · 상학부로 편성하였으며, 초대 학장에 윤인구(尹仁駒)가 취임하였다.
1952년 3월에 제1회 졸업생 252명을 배출하고 1953년 9월에 종합대학교로 개편되어 문리과대학 · 법과대학 · 상과대학 · 공과대학 · 약학대학 · 의과대학을 설치하였다.
이듬해에는 대학원에 석사과정을 설치하고, 1956년 2월에 현재의 위치로 이전하였으며, 같은해에 약학대학을 의과대학 약학과로 병합하고 의과대학 부속병원을 개원하였다. 1958년 11월 대학원 박사과정을 설치하였고, 1961년 9월에는 대학정비시책에 따라 부산수산대학과 부산교육대학이 병합되었다가 1963년 3월에 부산교육대학, 1964년 1월에 부산수산대학이 다시 분리되었다.
1964년 3월 의과대학 약학과를 약학대학으로 분리하고 법과대학을 법정대학으로 개칭하였으며, 1968년 12월에 사범대학을, 1969년 3월에 경영대학원을 설치하였다. 1972년에 사범대학부속고등학교를 설립하고 행정대학원을 신설하였으며, 1974 3월에 가정대학, 1975년 3월에 교육대학원, 1981년 3월에 치과대학이 신설되고 문리과대학이 인문대학과 자연과학대학으로 분리되었다.
1982년 3월에 법정대학이 법과대학과 사회과학대학으로 분리되고, 예술대학과 산업대학원이 신설되었으며, 1988년 11월에 환경대학원을 설치하였다.
2004년 제2캠퍼스(의․치과대학)를 착공하였으며, 2006년 부산대-밀양대 통합에 따른 국립학교 설치령 및 학칙을 전면개편하였다. 2008년 3월에는 한의학전문대학원을 개원하였다.
‘진리 · 자유 · 봉사’의 교훈을 구현하는 교육방침은 ‘국가 및 인류사회발전에 기여할 수 있는 유능한 인재를 양성하는 목적으로 하고 있다.
부산, 양산, 밀양에 5개의 멀티캠퍼스를 특화 · 발전시킴으로써 Asia 10, World 100 글로벌 명문으로 도약을 준비하고 있다.
그동안 약 16만 명의 졸업생을 배출하였으며, 2023년 현재 15개 단과대학과 4개 전문대학원, 2개 독립학부를 두고 있다.