1955년 6월 시민의 보건향상을 모색하고, 시민의 질병을 진료하기 위한 목적으로 영등포구 영등포동에 시립영등포병원으로 출범하였다.
설립 이후 시립영등포병원은 극심한 경영난과 환자들로부터 외면 받아오던 결과 서울시에서는 경영난을 타개하고 시민들에게 수준 높은 진료혜택을 제공하기 위한 방안으로 1987년 12월 서울대학교병원과 위·수탁협약을 체결한 이후 현재까지 서울대학교병원이 수탁 운영해 오고 있다.
현재의 보라매병원은 1987년 서울 보라매공원 부지에 착공 후 만 4년여의 공정 끝에 1991년 11월에 대지 4,000평 연건평 9,400평에 지하2층 지상8층 규모를 갖추고, 병원명도 시립보라매병원으로 개칭하여 진료를 시작하게 되었다.
1992년도에 행려환자 진료를 위한 복지병동 32병상을 신축, 운영하였고, 1996년 10월에는 국공립병원으로서는 최초로 117병상 규모의 노인전문병동을 건립하여 노인환자를 위한 전문 진료시설을 마련하였다.
노인병동에 치과와 장애인 구강진료실을 갖추는 등 시립병원으로서 저소득 시민에 대한 의료보장기능 수행과 지역사회 공공의료 및 시민의료 복지증진의 중추적 역할을 다하고 있다.
진료실적으로는 초기 영등포병원시절 연간 4만 2천여명에 불과하던 환자수가 1999년에는 연간환자 65만여명에 이르렀고, 시민 6,000여명에게 무료이동진료 및 무료건강강좌를 실시하였다. 또한 저렴한 비용으로 시민을 위한 질병예방 차원의 종합건강진단센터를 활성화 시키고 있다.
2009년 1월에 서울특별시립보라매병원이 서울특별시보라매병원으로 명칭을 변경하였다. 2015년 현재 진료시설로는 총 787개 병상 규모로 24개 진료과와 기타 진료지원 부서를 두고 있다. MRI·CT 등 첨단의료장비 총 1,100여점을 보유하고 OCS 개발 등 원내 전산화시스템을 구축하여 진료의 효율을 기하고 있다.
보라매병원은 서울대학교병원과의 지속적이고 유기적인 연계 속에 시민에게 적정하고도 수준 높은 대학병원급의 진료를 제공하는 최고의 시립병원으로 자리매김하고 있다.