서울 시민의 보건 향상과 질병의 진료에 관한 업무를 수행하기 위해 서울특별시의 조례에 근거를 두고 설립된 특수병원의 하나로 장애아동 전문 재활치료 병원이다.
서울특별시에서 1948년 12월 종로구 사직동에 있는 경성산부인과를 인수, 보건병원으로 발족하여 1966년 1월에 시립 영아원을 통합, 보육병원으로 개원하고 1969년 4월 시립아동병원으로 개칭하였으며, 1978년 5월 현재의 위치로 이전하였다.
2007년 4월 서울특별시 어린이병원으로 명칭을 변경하였다. 2015년 현재 소아청소년과, 정신건강의학과, 재활의학과, 영상의학과, 치과 등 5개 진료과에 250병상 규모이다. 입원 아동의 대부분이 가족으로부터 소외되어 뇌성마비, 정신박약, 경련성질환 등을 앓고 있는 복합 중증 장애아동으로 보호자 없이 이들을 돌볼 수 있도록 보모를 두고 있으며, 이곳에 입원한 무연고 아동은 진료 후 병원 자체에서 실시하는 사회적응을 위한 특수교육을 거쳐 장애인 복지시설로 옮겨져 보호를 받게 된다. 일반 장애아동도 입원하면 부모가 생업에 전념할 수 있도록 무료 간병을 하고 있다.
특히, 1999년 12월부터는 병원 내에 기존 물리치료실을 포함하여 음악치료실, 언어치료실, 심리치료실, 작업치료실, 작업 및 오락요법실 등을 보강한 특수 재활치료센터를 개설하여 재활치료 효과를 높이는 한편, 사회적응 능력을 길러주고 있다.
그밖에도 장애아동 사회복지시설을 방문하여 진료 및 위문을 실시하고 있고, 입원중인 무연고 장애아동과 뜻있는 시민과의 가족결연을 맺어주는 등 사회복지 증진에 이바지하고 있다.