1986년세계기독교통일신령협회(일명 통일교)에서 설립한 성화신학교가 그 전신이다. 이후 1989년 단과대학의 성화대학으로 개편되었고, 1992년에 이르면 종합대학교로 승격되었다. 그리고 1994년선문대학교로 교명이 변경되었다. 1997년 12월 학교법인 명칭이 선문학원으로 변경되었고 2017년 12월 선학학원(鮮鶴學園)으로 변경되었다.
2002년 4월선문대학교 30년사를 발간하였으며, 2010년 2월에 천안캠퍼스 사무국을 신설하였다.
2010년 현재 3개 대학원과 6개 단과대학에 47개 전공으로 구성되어 재학생 8,831명, 전임교원 239명이 있다.
‘애천, 애인, 애국’을 이념으로 하여 ‘전인적 인격자 양성, 참사람을 베푸는 세계시민 양성, 사회·국가·세계에 봉사하는 전문인 양성’을 교육목표로 하고 있다.
부속기관으로 대학교회·사회봉사센터·박물관·중앙도서관·성화학숙·공동기기센터·언론출판무·체육부·예비군연대·공학교육혁신센터·천안캠퍼스사무국이 있으며, 부설교육기관으로는 한국어교육원·사회교육원·해외유학생한국교육원·학생군사교육단이 있다. 또한 법인승인연구소 17개소와 대학승인연구소 9개소가 설치되어 있다.
20여개 동아리를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있으며, 봄·가을에 학술제와 ‘선문대동제’를 개최하고 있다.