원장인 칙임관(勅任官) 1인, 교관인 주임관(奏任官) 4인, 서기인 판임관(判任官) 3인을 두었다.
원장은 궁내부대신의 지휘감독을 받아 교육을 주관하며, 수학원의 사무를 총리하고 직원을 감독하는 임무를 가지고 있었다. 교관은 원장의 명에 따라 교육에 종사하고 서기는 일반서무를 담당하였다.
원장이 필요하다고 인정할 때는 교육에 능통한 외국인을 초빙하여 교육에 종사할 수 있도록 하였다. 수학원의 학년은 4월 1일부터 시작하여 다음해 3월 31일에 끝났으며, 교과목은 수신·국어·한문·외국어·수학·역사·이과(理科)·도서(圖書)·음악·체조 등의 근대적 교과목을 과하였다.
수업시간은 매일 2시간 이상 5시간 이내로 하였고, 학생은 왕족 및 귀족의 자제 중에서 20인 이내로 선정하였다. 정부는 수학원을 설치하면서 경효전제조(景孝殿提調) 이재극(李載克)을 수학원장으로 임명하였는데, 수학원의 운영상 중요한 사항은 궁내부대신이 학부대신(學部大臣)과 협의하여 결정하도록 하였다.
또한, 궁내부관등 봉급령을 개정하여 수학원장은 1등과 2등 안에 두고 수학원 교관은 1등에서 4등 안에 두었으며, 수학원 서기는 4등에서 8등 안에 두었다. 이 수학원은 1910년 국권상실 때까지 존속하다가 폐지되었다.