이 교단의 창립선언문에는 새 종파, 새 제도의 건설에 두지 않고 기성교회의 혁신을 단행하는 데에 설립목적을 두고 있음을 밝히고 있다. 경전은 신·구약성서이며 이 땅 위에 세워진 유형교회와 하나님만이 아는 무형교회가 있다고 믿는다.
감리교목사였던 이용도와 함경남도 원산 출신의 백남주(白南柱)·한준명(韓俊明) 등이 당시 큰 화제가 되었던 유명화(劉明花)의 신비체험과 관련하여 기성교단으로부터 배척당하자, 토착적인 선교와 신학을 기치로 삼고 시작했다.
창립 당시 모임에 참석한 116명의 대표자 가운데 포교관리자인 선도감(宣道監)으로 이용도 목사가 선출되었고 기초위원으로 백남주·이호빈(李浩彬) 등이 추가되었다. 1933년 10월이용도의 사망으로 열린 임시공의회에서 후임 선도감으로 이호빈 목사가 선출되었으며, 그 해 11월 정식으로 예수교회 설립이 선포되었다.
1946년에 집행기구인 중앙선도원(中央宣道院)을 서울로 이전하였고, 1977년에 가서 중앙선도원을 공의회로 개칭하면서 예수교회공의회로 교단의 명칭을 확정하였다. 그리고 1983년 특별공의회를 열고 조직을 재정비하기 시작해, 1990년에는 정기 공의회에서 예수교회 발전 5개년 계획을 채택하기도 하였다.
주요 활동으로는 밀알복지회 지원사업으로 “청소년약물남용예방사업”(1995년)과 같은 사회복지사업과 창립자인 이용도 목사의 사상과 신앙을 재조명하는 “이용도 신앙과 사상연구회”(1996년 창립)와 같은 학술활동이 있다. 기관지 《예수》를 연 2회 80쪽 분량으로 발행하고 있으며, 공의회 산하에 집행부서로 교육국, 재정국, 선교국, 사회국, 여성국, 기획국을 두고 있다.
2009년 현재 서울인천, 광주, 미국에 예배당이 있으며, 교인수는 약 200여명이다.