이귀(李貴)·김류(金瑬) 등과 더불어 광해군과 대북파(大北派)를 몰아내고 인조반정을 주도한 김자점은 인조가 즉위하자 정사공신(靖社功臣) 1등에 훈녹되었다. 그리고 집권 공서파(功西派)의 영수가 되어 김상헌(金尙憲) 등 유림을 배경으로 한 청서파(淸西派)를 탄압하였다.
또한, 손자인 김세룡(金世龍)을 효명옹주(孝明翁主 : 인조의 庶女)와 혼인시켜 외척이 된 뒤, 영의정에 올라 국권을 전횡하기에 이르렀다.
그러나 1649년효종이 즉위하자 평소 김자점의 독주를 비판하던 대사간 김여경(金餘慶)과 집의 송준길(宋浚吉) 및 장령 이상일(李尙逸) 등의 탄핵을 받고 파직당하였다.
이에 앙심을 품은 김자점은 역관 이형장(李馨長)을 몰래 청나라에 보내 조선이 장차 청나라를 정벌할 계획임을 알렸다. 아울러 김상헌과 김집(金集)이 청나라를 배척하는 데 앞장서고 있는 사실을 고하였다.
또, 청나라의 연호를 쓰지 않고 명나라의 연호를 쓴 인조의 묘지문을 청나라에 보내 양국 사이를 이간하였다.
이에 격분한 청나라는 즉시 군사를 국경선에 배치하고 사자를 보내 진부를 가리려 하였다. 효종의 기민한 수습으로 위기를 간신히 모면한 조정에서는 그를 엄형에 처할 것을 상소하였으며, 죄상이 드러나자 광양에 유배하였다.
이어서 1651년 해원령(海原令) 이영(李暎)과 진사 신호(申壕) 등이 상소해 김자점의 역모를 고하였다. 이에 왕은 친국해 김자점과 아들 익(釴)이 정신(廷臣)과 각지의 수령 및 지방 장수들과 내왕한 서신을 통해 역모를 주도하였음을 확인하고 인조의 후궁 귀인(貴人) 조씨(趙氏 : 효명옹주 생모)를 사사하였다. 그리고 김자점 및 아들과 손자를 사형에 처하고 가산을 몰수하였다. 이로써 공서파는 몰락하고 그에 대신해 청서파가 정권을 잡게 되었다.