1993년 11월에 동아전문대학 설립을 인가받았고 1994년 9월에 학과를 증설하였다. 1995년에는 중국의 심양공업대학·제일대학과 자매결연을 맺었으며, 1998년 교명을 동아인재대학으로 변경하였다.
1998년 9월 교육부 우수특성화프로그램 지원대상 대학으로 선정되었다. 1999년 3월 유아교육과, 선교복지과를 개설하였으며 1999년 5월 교육부 특성화우수 대학 및 구조조정 우수대학, 주문식 교육 우수대학으로 선정되었다.
2000년 1월 정보통신부 ‘전문대학 주전산망 지원 사업’ 지원대학으로 선정되었고, 2000년 6월 교육인적자원부 전문대학 재정지원사업 특성화 분야로 선정되었으며, 2000년 11월 중소기업청 창업보육센터(BI) 운영대학으로 선정되었다.
2001년 2월 정보통신부 정보통신관련학과 장비지원사업 대상으로 선정되었고, 2001년 3월 치기공과, 안경광학과를 개설하였으며, 2001년 7월 교육인적자원부 특성화우수대학, 구조조정우수대학, 향토기반산업 육성대학으로 선정되었다.
2002년 3월 응급구조과를 개설하하였고, 2002년 7월 교육인적자원부 특성화 우수대학(관광분야), 향토기반산업 육성대학으로 선정되었다.
2003년 7월 교육인적자원부 특성화 우수대학(관광분야, 맞춤형교육프로그램) 및 향토기반산업 육성 대학으로 선정되었다.
2004년 3월 마술과를 개설하였고, 2004년 5월 교육인적자원부 재정지원 특성화사업이 2008년까지 선정되었다. 2007년 7월 치위생과 신설 인가를 받았다.
2009년 4월 교육과학기술부 ‘전문대학 교육역량강화사업’이 선정되었으며, 2009년 7월 간호과 신설 인가를 받았다.
2010년 2월 제15회 학위수여식을 거행하였다.
2012년 2월 동아인재대학이 동아인재대학교로 교명을 변경하였으며, 2016년 3월에는 동아보건대학교로 교명을 변경하였다.
교훈은 ‘경천애인(敬天愛人)’이다. 7개 동아리를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있으며, 10월에 ‘월출제’를 개최하고 있다.
부속기관으로는 학생생활연구소·전자계산소·왕인박사연구보존연구소·산업기술연구소가 있다.