현재의 서울특별시 성동구 행당동 살곶이다리 서쪽 언덕 위에 있었다.
마조단의 기원이 어느 때인지 문헌상의 기록은 보이지 않으며, 고려시대 의식(儀式)이 있는 것을 보아 조선시대에도 고려시대의 답습으로 볼 수 있으나 조선시대에는 어느 왕 때 마조단을 쌓았는지는 알 수 없다. 『춘관통고(春官通考)』나 『문헌비고』에서도 구지(舊址)가 있다고만 기록하고 있다.
마조제(馬祖祭)는 국가 제사 중 소사(小祀)에 해당한다. 기록에 의하면 단을 설치하고 마조제를 실시한 것은 조선 헌종 때에 보이며, 1749년(영조 25)에는 우역(牛疫)이 유행하여 살곶이 목장(牧場) 안에 단을 쌓고 선목(先牧)을 제사하였는데 위판(位版)은 봉상시(奉常寺)에서 만들었다고 한다.
각 고을에도 단을 만들어 선목의 신위(神位)를 설치하고 제사를 지내게 하여 재앙과 여역(癘疫)을 물리치게 하라는 기록이 있다. 그 뒤 1796년(정조 20) 정월에 마조제는 이해부터 중춘(仲春)의 중기(中氣) 후 강일(剛日)에 지내게 하였다.
그 뒤 1908년 7월에 칙령에 의하여 산천단(山川壇)을 비롯하여 제단(諸壇)의 치제(致祭)를 폐지할 때 함께 폐지되었다.