본관은 태인(泰仁). 아버지는 백거간(白居簡)이며, 첨절제사 백광조(白光祖)의 종형이다.
1627년(인조 5) 정묘호란 때 의주 용골성(龍骨城)에 들어가 참모가 되어, 의병 5,000여 인을 모집하여 방수에 전력하면서 기발한 계책으로 많은 후금군을 살상하고 그 공으로 그곳 수령이 되었다.
1630년 단도(椴島)의 유흥치(劉興治)가 1만여 인의 무리를 이끌고 의주에 내습하자 종제 백광조와 함께 이를 무찌르고 유흥치를 살해하였다. 이어 후금은 용골대(龍骨大)로 하여금 우리 국경을 위협하게 하여 분을 풀려 하였으나, 백광종이 좋은 말로 타일러 나라가 무사할 수 있었다.
자신이 조총·궁시·창검 등을 각기 1,000여 자루씩 갖추어 국경방어에 사용하도록 하였으며, 그 공으로 훈련원정(訓練院正)에 승진되었고 대신 김류(金瑬)의 천거로 아이진첨절제사(阿耳鎭僉節制使)가 되었다. 그 뒤 1832년(순조 32)에 의주의 용현사(龍峴祠)에 제향되었다.