1954년 4월 대한예수교장로회 제39회 총회에서 총회야간신학교로 설립하여 같은 해 7월 서울특별시 중구 동자동 동성교회에서 개교하였다.
초대교장에는 김규당목사가 취임하였다. 1962년 9월 교사를 중구 도동 한성교회로 이전하고 1963년 1월 교명을 서울장로회신학교로 개칭하였다. 1969년 1월 다시 교사를 종로구 신문로의 새문안교회로 이전하였고, 1972년 9월 학교법인 대한예수교장로회 신학대학에 통합되어 학교명을 장로회신학대학 제2부 서울장로회신학교로 개칭하였다.
개교 이래 독립된 교사없이 동성교회·평안교회·연동교회·한성교회·신광교회·새문안교회 등으로 이전하였다가, 1981년 3월종로구 숭인동에 교사를 신축하여 이전하였다. 1982년 6월 문교부로부터 학교법인 광명학원으로 설립인가를 받아 1985년 3월경기도 광주시 광주읍 경안리로 교사를 이전하였다.
1987년 9월 4년제 대학학력인정학교로 인가를 받았으며, 1997년 12월에 4년제 정규대학으로 개편·승인 받아 현재의 서울장신대학교로 교명을 변경하였다. 1998년 3월 현재 신학과·교회음악과·사회복지학과 등 3개 학과로 구성되었으며, 재학생 518명, 교수 16명이고, 졸업생은 1996년 2월까지 129명을 배출하였다.
7개의 동아리를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있으며, 4월에 ‘안골축제’를 개최하고 있다. 부속기관으로는 도서관·신문사·기숙사 등이 있으며, 부설연구소로는 신학연구소 등이 있다.
교훈은 ‘한 알의 밀알이 되자’이며, 하나님의 영광을 위하여 사생관을 정하고 학문과 경건의 생활을 항상 같이 하도록 훈련하는 데 힘쓰고 있다.