서울의 동대문 밖 북쪽에 있었다고 하나 그 위치는 확인할 수가 없다. 말은 고대에 유일한 교통수단이었으므로 말을 잘 기르는 것은 곧 재화의 운송과 국정의 시행에 중요한 일이라고 생각하여 말을 소중하게 여겨왔다.
문헌에 의하면 선목단에 제사를 지내도록 규정한 것은 987년(성종 6)부터 그 뒤로는 매년 2월 상순에 날을 가려서 소사로 제사를 지냈다.
선목단의 행사는 국가의 제례 이외에도 국가의 목장이 있는 제주도나 함안 등지에서도 목장을 주관하는 관원의 주재로 말의 번식과 말의 무병성장을 위해서 목장단위로 행해지기도 하였다.
그러나 1744년(영조 20)을 마지막으로 국가적인 행사로는 의의가 없다고 단정하여 혁파해 버렸고 목장이 있는 지역에서는 민속적인 행사로 전해왔으나 1910년 나라가 일본에게 침탈되자 민속행사 금지규제에 따라 흐지부지되어 지금은 자취조차 찾을 길이 없다.