여수항은 해상전략기지에 자리하고 있으며, 연안여객선터미널과 화물부두가 같이 운영되고 있다.
여수항은 1923년 6월에 개항하여 1967년 3월에 제1종항으로 지정되었고. 1991년 10월에 무역항으로 지정되었다. 1919년여수를 기점으로 순천을 경유하여 전라남도 남해안의 곡창지대를 종단하여 광주에 이르는 철도가 부설되면서 항구 공사가 시작되었는데, 항구의 건설이 완성되면서 외항도 편입되었다. 그 뒤 1931년 2월여수∼시모노세키(下關) 간에 연락선을 취항시켰다.
2009년 현재 주요 항만시설은 안벽 991m, 잔교가 6기, 물양장은 2,334m, 방파제는 2,016m이고, 방파제의 높이는 동쪽 5.67m, 서쪽 5.29m, 북쪽 2.2m이다. 접안능력은 8척으로 연간 하역능력은 303만 8,000톤이다. 정기 여객선 항로는 여수∼부산간을 포함하여 5개가 개설되어 있다.
2009년의 전체 입출항 선박은 1만 2,942척이며 총톤수는 8,049만 8,319톤에 달한다. 그 가운데 외항선은 3,488척에 7,660만 7,762톤이고, 내항선은 9,454척에 389만 557톤이다. 외항선의 입항 척수는 1,744척이고 총톤수는 3,838만 6,779톤이며, 일본을 제외한 동아시아에서 입항한 선박이 1,307척에 2,759만 8,514톤으로 가장 비중이 크다. 그 다음으로 일본에서 입항한 선박이 260척에 288만 8,013톤, 유럽에서 입항한 선박이 33척에 195만 3,065톤, 북미에서 입항한 선박이 46척에 179만 6,784톤이다.
외항선의 출항선은 1,744척이고 총톤수는 3,822만 983톤이며, 일본을 제외한 동아시아로 출항한 선박이 768척에 944만 3,030톤으로 가장 많다. 그 다음으로 동남아시아로 출항한 선박이 199척에 781만 8,854톤, 대양주로 출항한 선박이 159척에 776만 729톤, 북미로 출항한 선박이 98척에 344만 8,183톤이다.
2009년의 입출항 화물물동량 처리실적은 모두 827만 2,987톤으로 입항 물동량이 196만 7,049톤이고 출항 물동량은 630만 5,938톤이다. 품목별 화물은 원유 및 석유가 600만 4,764톤으로 가장 많은 비중을 차지하고, 그 뒤를 이어 석유정제품 126만 5,790톤, 플라스틱 및 고무제품 46만 1,064톤, 화학공업생산품 36만 6,209톤 등이다.
2009년에 연안으로 입출항한 선박 및 화물량은 다음과 같다. 입항 척수는 모두 4,727척이고 입항 톤수는 194만 3,211톤이다. 출항 척수는 4,727척이고 출항 톤수는 194만 7,346톤이다. 연안입출항 물동량은 91만 7,157톤으로, 입항화물이 87만 5,655톤이고 출항화물은 4만 1,502톤이다.
일반부두 제1부두는 무연탄과 시멘트를 취급하고, 제2부두는 잡화, 제3부두는 시멘트·PVC 레진·컨테이너 등을 주로 취급하고 있다.