경복궁 안 서북쪽에 위치하였다. 성종은 그의 아버지를 덕종이라 추존하여 종묘인 문소전(文昭殿)에 봉안하려 하였으나 원래 문소전은 태조와 4대조를 모시는 사당이므로 덕종을 모시면 예종이 들어갈 수 없어 일시 종묘에 모셨다가 연은전이 따로 건립되자 이곳으로 별도 봉안하였다.
그 뒤 인종이 죽자 1547년(명종 2) 다시 인종의 향사문제가 나와서 논의를 거듭한 끝에 결국 연은전에 위패를 봉안하였다가 1569년(선조 2)문소전에 후전(後殿) 1칸을 짓고 인종의 위패를 그곳으로 옮겼다.
연은전을 지키는 관원으로는 제조(提調 : 문소전의 제조가 겸임) 1인, 참봉 2인을 두어 관리하게 하였으나 뒤에 폐지되었다.