1991년 4월 고려민속박물관이라는 이름으로 설립되었다가 1994년 3월 옹기전시실 · 민속생활용품 전시실 및 야외전시장 등의 전시 공간을 갖추고 옹기민속박물관으로 이름을 바꾸어 개관하였다. 대지면적 664㎡에 연건축면적 660㎡의 규모이다.
우리 조상들이 질그릇을 빚어 쓰던 선사 시대부터 역사 시대의 삼국 · 통일신라 · 고려 · 조선시대를 거쳐 오늘에 이르기까지 우리 민족과 함께 희노애락(喜怒哀樂)을 같이하면서 생활 용구로서 긴요하게 사용되어 온 것이 옹기(甕器)이다.
질그릇에 속하는 이들 옹기는 우리 민족이 쓰던 생활 용기(生活容器)들이었다. 그래서 때와 장소, 필요성에 따라 형태도 다양할 뿐만 아니라, 그릇들도 다채로웠다. 옹기는 선사 시대로부터 현대에 이르기까지 이처럼 그 흐름이 계속되어 왔다. 하지만 점차 생활 옹기로서의 기능이 사라져 가고 있다.
예전부터 옹기가 없는 우리 한국인들의 생활은 생각할 수 없었다. 그러나 현대의 주거 생활과 식문화(食文化)의 변화로 사라져 가고 있는 것이다. 옹기민속박물관은 우리의 풀뿌리 문화와 같은 저 옹기들을 전국에서 수집하여 생활 용기로서 사용되었음을 보여 주고, 이를 현대에도 실용화할 수 있도록 전시하려는 목적에서 설립되었다.
옹기민속박물관은 옹기를 비롯한 소장 자료는 등록 자료 300여 점과 미등록 자료 3,000여 점을 소장했던 기관으로서 전국의 지방별 옹기 명품전을 비롯하여 옹기와 질그릇과의 비교 전시회와 모음전 그리고 생활 질그릇사 연구와 옹기 도록의 발간 등을 주요 사업으로 추진했다.
2015년에 폐관하여 지금은 옛 박물관 자리(주소: 서울특별시 도봉구 쌍문동 497-15)에 빌라가 들어서 있다.