1695년(숙종 21)에 지방유림의 공의로 송시열(宋時烈)의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다. 1696년 ‘용진(龍津)’이라고 사액됨과 동시에 민정중(閔鼎重)을 추가배향하였다.
그 뒤 중앙의 정치세력 변화로 인하여 1724년(경종 4)에 철액(撤額)되었다가 1725년(영조 1)에 복액(復額)되기도 하였다. 선현배향과 지방교육의 일익을 담당하여 오던 중 대원군의 서원철폐령으로 1871년(고종 8)에 훼철된 후 용진서원유허비(龍津書院遺墟碑)가 건립되었다. 복원 여부는 미상이다.