본관은 상산(商山). 자는 백원(伯元). 할아버지는 이신무(李信茂)이고, 아버지는 이구년(李龜年)이다. 이이(李珥)의 문인이다.
어려서부터 재지가 뛰어나 약관에 이미 문명이 알려졌다. 중종대에 진사시에 합격하였으나 연이어 부모상을 당하여 6년 동안 시묘하였다. 스승인 이이의 추천으로 1540년(중종 35)에 경안찰방에 임명되었다.
지방의 호세가(豪勢家)인 정희인(鄭希引)이 중앙정부의 고관의 세도를 믿고 역마를 임의로 사용하여도 역대찰방들이 금지시키지 못하였으나, 이인홍이 부임하자 조정에 장계하여 이를 시정하는 한편 역리(驛吏)를 단속하여 기강을 세웠다.
이어서 대동찰방과 진천현감으로 승진하였다. 1570년(선조 3) 식년문과에 병과로 급제하고, 면천군수를 지냈다. 지방관으로 나가서는 제도를 개혁하고 적폐를 일소하여 치적을 쌓았다.
1580년에 평양서윤을 지내고, 이어서 호조정랑이 되었다. 퇴관한 뒤 향리에서 후진을 교육하면서 학문에 전념하였다. 뒤에 병조참판에 추증되었다.