고려의 군제는 평상시에는 중앙의 2군 6위와 지방의 주현군·주진군으로 이루어져 있다가 유사시에 중군·전군·후군·좌군·우군 등 5군으로 개편되었다.
이 때 원수와 부원수, 도지병마사(都知兵馬事)가 5군 전체를 지휘하고, 각 군에는 사(使)와 지병마사, 병마부사(兵馬副使), 병마판관, 군후사용약원(軍候使用藥員), 제색원(諸色員), 병마인리(兵馬人吏), 제색인리(諸色人吏) 등으로 지휘부가 구성되었으며, 중앙군과 지방군에 속해 있던 군인들이 징발되어 각 군에 배속되었다.
평상시에는 이들 지휘관이 임명되지 않았지만, 중군을 제외한 각 군에 병진도지유(兵陣都知諭)을 비롯하여 신기도령(神騎都領) 및 지유, 신보도령(神步都領) 및 지유, 정노도령(精弩都領) 및 지유 등 기간요원들은 언제나 충원되어 있었다.
1149년(의종 3) 천자육군(天子六軍) 대국삼군(大國三軍) 차국이군(次國二軍) 소국일군(小國一軍)이라 한 고제(古制)에 따라 5군을 3군으로 축소할 때에도 좌군은 중군·우군과 함께 3군을 형성하였다.
그러나 이후 거란족의 침략을 물리치면서 중군·전군·후군으로 삼군이 편성되기도 하고, 그것이 다시 5군으로 확대되기도 하였으며, 1231년(고종 18)에는 몽고와 싸울 때는 중군·좌군·우군으로 3군이 편성되었다.
고려 말에는 왜구의 침략 등으로 전쟁 상태가 지속되면서 5군이 거의 상설되다시피 하였으며, 1391년(공양왕 3) 5군을 줄여 중군·좌군·우군 등 3군 도총제부(都總制府)로 개편했는데, 이 때 좌군에는 재상이 겸하는 좌군총제사 1인과 통헌대부(通憲大夫) 이상으로 임명되는 부총제사 1인으로 지휘부가 구성되었다.