남해 연안지역에서 왜구의 침략을 방어할 목적으로 경상도지역의 금주등처진변만호부(金州等處鎭邊萬戶府)와 전라도지역의 전라도진변만호부가 차례로 설치되었다.
금주등처진변만호부는 제2차 일본정벌이 실패로 끝난 직후인 1281년(충렬왕 7)금주(金州 : 지금의 경상남도 김해)에 신설되었다. 당시 합포(合浦 : 지금의 경상남도 마산)에 군사 500명이 주둔하고 있었으므로 이들이 곧 만호부의 병력을 이루었을 것으로 짐작된다.
그러나 1287년 합포의 원군이 모두 철수함에 따라 고려군으로 그 병력을 대체하게 되었다. 그 뒤 1293년 이전에 금주등처진변만호부는 합포등처진변만호부로 개칭되었다.
한편, 전라도진변만호부는 1290년에 설치되었으며, 그 치소(治所)는 강진(康津) 부근이었을 것으로 추정되나 확인되지는 않는다.
합포등처진변만호부와 전라도진변만호부는 왕경등처순군만호부(王京等處巡軍萬戶府)·서경등처관수수군만호부(西京等處管水手軍萬戶府)·탐라군민만호부(耽羅軍民萬戶府) 등과 더불어 원나라간섭기의 5만호부를 구성하였다.
진변만호부의 직제는 다른 만호부와 마찬가지로 다루가치〔達魯花赤〕와 도만호(都萬戶)·상만호(上萬戶)·만호·부만호(副萬戶)·천호(千戶)·총관(摠管)·백호(百戶)·제공(提空)·녹사(錄事) 등으로 이루어져 있었을 것이나, 사료에서는 다루가치·만호·부만호·천호·총관·녹사의 존재만이 확인되고 있다.
이들 관직은 모두 고려의 관리로 충당되었으며, 임명절차는 고려 국왕의 보거(保擧)를 거쳐 원나라에서 제수하거나 고려 국왕이 직접 임명하였다. 또한, 이들 진변만호부의 관리는 만호부의 군사를 지휘할 뿐 아니라 지방관으로서의 직능을 함께 수행하였다.
1356년(공민왕 5) 반원정책의 일환으로 5만호부를 모두 혁파함에 따라 진변만호부 역시 폐지되었다. 이후 방왜(防倭)의 기능은 1374년에 설치된 왜인추포만호(倭人追捕萬戶)와, 수군이 재건되면서 1387년(우왕 13)부터 설치되기 시작한 수군만호부(水軍萬戶府)로 계승되었다.