1946년 11월에 김원근(金元根)·김영근(金永根) 형제가 운영하는 학교법인 대성학원(大成學園)에서 청주상과대학으로 설립하였다.
1920년대에 인재양성을 통한 교육구국을 목적으로 국민학교와 남·여 상업학교를 세워 민족교육을 실시한 김원근·영근 형제는, 광복이 되자 고등교육이 시급한 과제임을 깨달아 학교를 설립하게 되었다. 초대 학장에는 김현대(金顯大)가 취임하였다.
1949년에 야간부를 설치하고 이듬해에 법학부를 신설하면서 학생정원이 800명으로 증가되었고, 1951년 7월에 청주대학으로 개편하였다. 1954년에 문리학부와 대학원을 각각 신설하였으며, 1957년에는 청주시 수동에서 현재의 위치로 교사를 신축 이전하였다.
1958년에 이공학부를 신설하였고, 4·19혁명과 5·16군사정변을 거치면서 학생정원이 감축되는 침체기도 있었으나, 1963년 이후로 점차 교세가 확장되기 시작하였다. 1970년에 교육학부가 신설된 뒤 매년 증과와 증원이 계속되어 1973년에는 학생정원이 2,000명을 넘어서게 되었다.
1978년에 예술학부가 신설되면서 학생정원이 6,000명에 이르게 되었으며, 장기발전계획에 따라 새 본관인 청석관을 비롯하여 인문관·자연과학관·사회과학관·박물관 등을 신축하였고, 1980년 10월에 종합대학으로 인가받아, 1981년 3월에 청주대학교로 개편되어 초대 총장에 김명회(金明會)가 취임하였다.
6개 단과대학으로 편성하고 대학원 박사과정을 신설하였으며, 1981년 11월에 산업대학원을 신설하였다. 1984년 11월에 행정대학원을 신설하고 1987년 11월에 산업대학원을 산업경영대학원으로 개편하였다.
1989년 10월에는 제2캠퍼스를 율령동에 조성하고 예술대학과 음악과, 기숙사를 신축하였다. 1994년 10월 교육대학원을 신설하고 산업경영대학원을 산업대학원과 경영대학원으로 분리·개편하였다.
2000년대 들어 간호학과를 비롯한 보건의료 관련 학과와 군사학과, 항공운항학과를 신설하였다. 2015년애는 바이오산업의 중심이라 할 수 있는 오송첨단의료복합단지에 단독 캠퍼스를 설립하였다. 2017년 도서관을 새로이 증축하였다.
2019년 현재 대학은 비즈니스대학, 인문사회대학, 공과대학, 사범대학, 예술대학, 보건의료과학대학, 6개 단과대학, 1개 직할학부군, 15개 학부, 42개 전공, 9개 학과로 구성되어 있다. 재학생 15,433명, 졸업생은 10만 여명을 배출하였다.
대학원으로는 일반대학원과 특수대학원인 사회복지·공공정책대학원, 보건의료대학원, 융합신기술대학원, 예술대학원 등 5개 대학원의 박사과정 22개학과, 석사과정 64개 학과로 구성되어 있다.
부속기관으로는 중앙도서관, 박물관, 청대언론사, 평생교육원, 비행교육원, 석우문화체육관, 생활관이 있으며, 부설연구기관으로는 경영경제연구소, 사회과학연구소, 한국문화연구소, 산업과학연구소, 청주지방방사능측정소, 학술연구소, 보건의료과학연구소, 청주대학교 국어문화원, 태양광연구소, 평화안보연구소, 차세대반도체융합, 기술연구소, 청주학연구원이 있다.
1946년에 설립된 도서관에는 53만여 권의 장서가 소장되어 있으며 2017년 3월 새로이 증측하였다. 장서는 100만여 권에 달하고 있다. 1967년에 건립된 박물관에는 2,500여 점의 소장품이 소장되어 있다. ‘교육구국’을 건학이념으로 하여 교훈을 ‘진리탐구·덕성함양·실천봉공’으로 설정, 애국애족과 사회봉사에 힘쓸 유능한 전문인력 양성에 노력하고 있다. 2017년 3월 도서관을 증측 개관하였다.
매년 5월에는 '우암대동제'를 개최하여 전야제, 예술제·연극공연·초청강연회·동아리장기자랑 등을 실시하고 있다. 50여 개의 동아리와 태권도, 축구, 유도 등 6개의 운동부를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있다.
대학신문인 『청대신문(淸大新聞)』은 1954년에 창간되어 10일에 한번씩 발간하고 있으며, 영자신문인 『청대타임즈(Chong Dae Times)』는 1978년에 창간되어 월간으로 발간하고 있다. 미국의 코네티컷주립대학·유에스아이유대학, 영국의 헐대학, 중화민국의 중국문화대학교·담강대학(淡江大學) 등 해외 29개국 190여개 대학과 자매결연을 맺고 있다.