1940년 4월 수업연한 5년의 충주공립중학교로 설립되었다. 설립 당시 중원군청에 교실 하나를 빌려 개교하였다가 1942년 11월 충주시 호암동으로 교사를 신축, 이전하였다. 1944년 9월 한국인 초대교장에 고광만이 취임하였으며, 이듬해 3월 제1회 졸업생 38명을 배출하였다.
1951년 8월 학제 변경에 따라 충주중학교와 충주고등학교로 분리 개편되었고, 1974년 12월 현재의 위치로 이전하였다. 1976년 5월부터는 부설방송통신고등학교 9학급을 인가받아 운영하고 있다. 1997년 3월 현재 27학급에 재학생 1,225명, 교원 60여명, 졸업생은 53회에 총 1만 7684명을 배출하였다.
최고의 목표·최선의 노력·최대의 성과의 ‘최고·최선·최대’를 학교생활목표로 하여 ‘애국인·실력인·덕성인·건강인’을 교육목표로 세우고 예지와 덕성을 겸비한 충고인을 길러내기 위해 주력하고 있다.
세계화 교육의 실천 사업으로는 다국어(영어, 독일어, 프랑스어, 중국어)를 익혀 국제 이해도를 높이는 데 중점을 두어 해마다 다국어 구화·가창 발표대회를 실시하고 있다. 질 높은 교육의 실천 사업으로 다양한 프로그램을 통하여 자기주도적 학습활동을 하도록 돕고 있으며, 전인교육 차원에서 학생주도형 특별활동을 운영하고 그 결과를 모아 종합학예 발표회를 열고 있다.