1953년 미국의 남침례회 외국선교부가 한국침례교회의 목회자 양성을 목적으로 대전시 중동에 침례회성경학원을 설립하였다. 이 학원은 이듬해 7월 대학에 준하는 각종학교로 인가되어 침례회신학교로 개편되었으며, 초대 교장에 선교사 나요한(那約翰, John A. Abernathy)이 취임하였다.
1973년 4년제 정규대학으로 승격되어 한국침례교신학대학으로 개편되었고, 1977년 최초의 내국인 학장으로 목사 정진황이 취임하였다. 1978년 신학과 외에 기독교교육학과가 신설되었고, 1980년에는 교명을 침례신학대학으로 변경하였다. 같은 해에 신학대학원(3년 과정)과 대학원(2년 과정)을 설치하였으며, 그 뒤 종교음악과를 신설하였다. 1987년 12월 대학원 박사과정이 설치되었다.
1992년부터 현재의 위치로 이전하였으며, 1993년 9월 침례신학대학교로 교명을 변경하였다. 1996년에는 목회대학원이 교육부로부터 정식 인가되어 목회학 석사과정이, 1997년에는 사모대학과 여교역자 과정이 시작되었다.
2001년 9월 12일에는 학교법인 침례학원과 학교법인 수도침례신학원의 법인을 통합하여 양 신학대학교 통합의 초석을 놓았다. 2004년에는 대학원을 정비하여 일반대학원 석사·박사과정을 증원하였고 석사과정에는 유아교육과를 증과하였다.
2006년 3월 1일에는 수도침례신학교와 통합하여 교단 유일의 신학교육기관으로 자리 매김하였다.
부속기관으로는 침례교신학연구소, 세계선교훈련원, 평생교육원, 목회연구원, 침신유치원, 송강사회복지관, 도서관, 생활관, 출판부, 신문방송부 등이 있다.
‘진리·중생·자유’를 교육이념으로 삼아 ‘영성·도덕성 함양, 창의력 개발, 주체성 확립, 전문성 개발, 목회자 및 기독교 지도자 양성’을 교육목표로 하고 있다.
매년 5월에 ‘목산제’를 개최하고 있으며, 10여 개의 동아리를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있고, 미국의 샘포드대학(Samford University)과 자매결연을 맺고 있다.