창업주이자 초대 대표는 이겸로(李謙魯)이다. 당시 일본인이 경영하던 서점을 인수하여 금항당(金港堂)이라는 서점을 차려 참고서와 교과서를 취급하면서 차차 국학관계 고문헌과 인연을 맺었다.
2대 대표는 이동호(李東虎)이며, 현재는 3대 이종운(李鍾韻)이 대표를 맡고 있다.
1943년 관훈동 147번지의 현위치로 이전하였고, 광복이 되면서 통문관으로 바뀌었으며, 일본인이 소장하였던 우리 고문헌이 쏟아져나와 각종 문헌거래가 활발하여지면서 고문헌의 매매뿐만 아니라 출판도 시작하였다. 처녀출판으로 1946년 3월 이윤재(李允宰)의 ≪성웅 이순신≫, 곧이어 김천택(金天澤)의 ≪청구영언≫을 발간하였다.
6·25사변을 거치면서 흩어져가던 고서더미 속에서 귀중한 문헌을 많이 찾아냈다. 1950∼1960년대를 지나면서 통문관은 명실공히 국학 제분야를 연구하는 이들의 필수서점이자 사랑방 구실도 하였다.
이곳에서 발간한 대표적인 책은 1950년대에 초간본 ≪두시언해 杜詩諺解≫, 김민수(金敏洙)의 ≪주해훈민정음 注解訓民正音≫, 1960년대에 유창돈(劉昌惇)의 ≪국어변천사 國語變遷史≫·≪월인천강지곡 月印千江之曲≫(원본 재현), 1970년대에 이병주(李丙疇)의 ≪두시언해비주 杜詩諺解批注≫, 1980년대에 이동향(李東鄕)의 ≪가헌신기질사연구 稼軒辛棄疾詞硏究≫ 등이 있다.