1986년에 서울특별시 중구 필동에서 민속학 동호인 이훈석에 의하여 설립된 뒤, 1988년에 전통 음식의 계승 발전을 위하여 남달리 애정을 쏟아 왔던 (주)풀무원사장 남승우(南承祐)가 이를 인수, 김치 문화를 앞세운 전통 음식의 사회 교육장으로 새출발을 하면서 명칭을 ‘명가(名家)김치박물관’이라 하였다가 1994년 11월 현재의 명칭으로 변경하였다.
내국인은 물론 외국인에게도 우리 나라의 소중한 김치 문화의 발전상을 일깨워 주고 배움의 터전으로 활용할 수 있게 전시관을 다원화하였다. 역사실에는 선사시대·삼국시대, 고려시대, 조선시대의 삼단계로 나누어 김치의 발전상을 체계적으로 소개하면서 유물·고전(古典)과 김치의 재현 모형을 곁들여 놓았다.
원료 전시실에는 조선시대까지의 채소류의 생김새와 함께 김치에 동원되었던 원료·부원료(양념)의 이해를 돕기 위하여 옛 그림으로 이를 뒷받침하면서 원료의 발전상도 한눈에 볼 수 있게 하였다.
침채원(沈菜源)의 하나인 젓갈류실을 따로 구성, 옛 젓갈독과 함께 젓갈의 종류를 모형으로 재현해 놓았다. 조리 용구실에는 주로 양념을 만드는 데 사용되어 왔던 유물들을 전시하였다.
이어서 예부터 알려져 왔던 8도의 유명 김치를 모형으로 재현 전시한 팔도 김치 전시실이 마련되어 있다. 그밖에 김치 담금·저장 용기의 이해를 위하여 옛 김칫독·옛 나무 김칫독·옛 이중 김치독을 전시하고 있다. 부대 전시물로 옛 장독대의 모습을 재현하는 한편 김장 김치의 풍경을 모형으로 전시하였다.
전시관의 운영 외에도 김치 문화의 사회 기여라는 차원에서 1992년부터 박물관대학을 개설하여 김치 강좌를 비롯하여 한과류·장류·폐백·이바지 음식류 등의 전통 음식 강좌를 열었다. 그리고 전통 음식의 탐구를 위하여 학술 총서(4집 발행) 간행 사업을 하였다.
김치 연구의 현주소를 알리는 한편 연구의 활성화를 위하여 『김치연구논문목록집』을 2년마다 발행(3집 발행)하는 동시에 논문(1,000여 편)의 활용을 위하여 자료실을 운영하였다.
그 밖에도 김치 종주국의 자부심을 키워 주기 위하여 ‘어린이김치강좌’를 비롯하여 ‘가족김치담그기’ 등을 열어왔다. 특별 행사로 ‘창작김치 모음전’, ‘전통병과류 전시회’ 등을 주기적으로 여는 등 전통 음식의 계승 발전을 위하여 최선을 다하였다.
2015년 3월 한국에서 유일하게 세계 11대 음식 박물관에 선정되었다. 같은 해 4월 21일에 삼성동 풀무원김치박물관 시대를 마감하고 종로구 인사동에 뮤지엄김치간으로 재개관하여 박물관을 운영해오고 있다.