1906년 10월 10일 평안남도 순안(順安)에서 제칠일안식일예수재림교(第七日安息日예수再臨敎) 선교부에 의해 의명학교(義明學校)로 개교하였다.
초대 교장에 스미스(W. Smith) 목사가 취임하였고, 제칠일안식일예수재림교의 교육 이념에 따라 학생들은 기숙사 생활을 하였다.
1938년 경성삼육원으로 명칭을 변경하였고, 1947년 서울 동대문구 면목동으로 교사를 이전하여 삼육중학교로 개편하였다. 1949년 11월 현재의 위치에 교사를 이전하였으나 한국전쟁으로 임시 휴교를 하였다.
1951년 3월 제주도 성산포에서 임시 개교하였으며, 1958년 2월 문교부로부터 삼육고등학교로 인가 받아 1963년 현재의 한국삼육고등학교로 교명을 변경하였다.
교훈은 ‘진리·사랑·봉사’이다. 영과 혼과 몸의 지(智)·덕(德)·체(體)가 조화되는 전인교육을 위한 천부적인 능력의 계발과 훈련을 교육목표로 하고 있다. 특색교육으로 소그룹별 창의적 재량활동으로 수업을 진행하고 있고, 수학교과 전용 연구실 및 질문방을 운영하고 있다.
또한 기초교과의 ‘3+1’체제 수준별 이동수업과 주 1회 ‘진학정보 제공의 날’을 운영하고 있고, 인성교육 및 종교교육으로 성경 통독 및 정오의 명상·기도 시간을 운영하고 있으며, 다양한 동아리 활동이 이루어지고 있다.