물에 대한 이해와 물의 응용과 관련되는 학문의 발전을 기하고, 회원 상호간의 친목을 도모함을 목적으로 정의석(鄭義石) 등이 중심이 되어 1967년 서울에서 설립하였다. 설립 당시에는 한국수문학협회라 하였으나 1972년 5월에 한국수문학회로 개명하였으며, 1995년에는 다시 한국수자원학회로 명칭을 바꾸었다.
협회의 기관지로 1968년 6월≪물≫을 창간, 연 1회씩 발간해 오다가 1969년부터 ≪물의 과학≫으로 개칭, 연 2회 간행하였다. 1980년에 다시 ≪한국수문학회지≫로 개하였고, 1995년에 ≪한국수자원학회지≫로 명칭을 변경하였다. 1996년부터 일반 기사는 ≪한국수자원학회지≫로, 논문은 ≪한국수자원학회논문집≫으로 발간하고 있다.
한편 학술 교류도 활발하게 추진하였다. 1977년 아르헨티나에서의 국제연합수자원회의, 1979년 소련의 레닌그라드에서 열린 ‘수자원사업을 위한 수문학 계산의 구체적 면모에 관한 국제심포지엄’에 대표를 파견하는 등 국제학술대회 참가를 통하여 학술교류를 도모하였다.
2000년에는 제4회 국제 물과학 · 공학회(4th International Conference on Hydroscience and Engineering)를 서울에서 개최하였고, 2005년에는 제31차 국제수리학회(IAHR) 총회를 서울 COEX에서 개최하였고, 2009년에난 임기 2년의 세계물위원회(World Water Council) 이사기관에 진출하기도 하였다. 2010년에는 제8회 국제생태수리학회를, 2012년에는 제18차 국제수환경학회 아시아 태평양지역 학술대회를 개최하였다.
현재도 국제수문학회 · 국제측지 및 지구물리학연맹 한국위원회 · 세계기상기구 · 국제수리학회 · 한국기상학회 등과 긴밀한 유대를 맺고 학술 향상을 위하여 공동 노력하고 있다.