지방자치의 정착, 발전을 위한 창의적이고 실천적인 조사, 연구 및 정책개발을 추진하며, 급변하는 행정환경 변화에 대한 지방자치단체의 능동적인 대응을 지원한다.
1984년 8월 내무부장관(현 행정안전부장관)의 설립허가를 받아 같은 해 9월 전국 시·도 지방자치단체가 재단법인 지방행정연구소로 발족하였다. 그 후 1986년 2월 지금의 명칭으로 변경되고, 같은 해 5월에 제정·공포된 「한국지방행정연구원육성법」에 의하여 설립되어 오늘날에 이르고 있다.
지방행정의 발전을 위한 정책을 모색하고 장기비전을 제시하며, 지방행정의 주요 당면과제에 대해 조사와 연구를 한다. 또한 중앙정부, 지방자치단체, 민간단체 등에 대한 자문 및 경영진단사업을 하고, 정부나 지방자치단체 및 민간단체로부터 연구용역을 수탁하고, 지방행정연수원의 교육을 지원·협력하며, 국내외 연구기관 및 국제기구와의 교류·협력 등을 주요 기능으로 하고 있다.
조직은 기획조정실(2과 1센터), 자치행정연구실, 지방재정연구실, 지역발전연구실, 지방세연구센터, 대외협력관, 정책연구협력관, 지방행정체제연구단 등 4실 1센터 2관 1단(2010년 현재)으로 이루어져 있다.
주요 사업은 ① 지방자치 선진화, 경쟁력 및 책임성 강화를 위한 비전 제시, ② 지방재정의 확충과 효율성 제고를 위한 방안 모색, ③ 녹색지방자치(Green Local Autonomy) 및 녹색성장 구현을 위한 연구 및 지원, ④ 지방의 경쟁력 강화와 효과적 행정서비스 공급을 위한 방안 모색, ⑤ 협약 체결 기관과의 협력 강화 및 학술교류 확대, ⑥ 협약 체결 기관과의 정보교류 네트워크를 구축하여 연구원 발전 및 연구의 질 향상, ⑦ 국내 유수 기관과의 연구 네트워크 구축, ⑧ 정부·지방자치단체·민간단체의 연구용역 수탁, ⑨ 연구개발 및 정책개발에 상호 협조 및 자문 역할 수행, ⑩ 연구 발전을 위하여 상호 기관의 연구시설 이용 협조, ⑪ 지방행정 관련 연구 발전을 위한 도서·간행물의 출판·판매 등이다.
이밖에도 지방행정 전반에 관한 연구논문집인 『지방행정연구』, 분야별 주요 테마에 관한 자료를 수집·분석한 『연구자료집』등이 발간되고 있으며, 세미나 및 공청회, 정책 포럼 등을 개최하고 있다.
2016년 12월 서울특별시에서 강원도 원주 혁신도시로 청사를 이전하였다.