1990년 전라남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 전라남도 강진군 도암면 강정리 해남윤씨 종중에서 관리하고 있다.
족보란 같은 일족의 시조로부터 족보 편찬 당시 자손까지의 친족계보를 기록한 것이다.
목판의 판각 연대는 심단(沈檀)의 서문을 통해 1702년으로 파악되고, 1649년(인조 27) 윤선도 등을 주축으로 여러 문족들이 추원당(追遠堂)을 건립하고 이와 함께 문중결속과 친족유대를 도모하기 위해 경비를 마련하여 1702년에 이 족보를 간행하였다.
목판 매수는 원래는 서문 3매, 1권 51매, 2권 30매, 3권 61매, 4권 50매, 간행 1매, 총 98∼101매가 될 것으로 추정되는데 현재는 93매(서문 2매, 1권 13매, 2권 8매, 3권 20매, 4권 21매, 불명 29매)이다. 목판의 규격은 내곽 세로가 39㎝, 가로가 25.5㎝이다.
이 『해남윤씨족보』의 목판에 수록된 내용은 우선 부계친(父系親)과 동일하게 외손도 모두 기록하였고, 자녀는 남자를 먼저 올리는 선남후녀(先男後女)가 아닌 출생순위로 기록하고 있으며, 적서(嫡庶)를 그대로 기록하면서 외손의 경우 성씨를 기입, 명자(名字)만 있는 본손과 구분하였다. 외족으로서 본족의 혼부(婚婦)가 된 경우나 외족의 혼부가 된 경우는 서로 찾아볼 수 있도록 해당 면수를 천자문 순에 따라 적기하였다. 단수는 12단으로 구분하였다.
이 목판은 조선 후기의 족보 목판으로서 기록방법이나 형태가 조선 전기의 족보양식을 따르고 있는 점이 특이하다. 그리고 특정 문중의 족보이면서도 해남윤씨가 호남지역에서 차지하는 비중과 함께 내외손이 망라되어 이 지방의 각 성씨와 인물의 맥락을 이해하는 데 기초 자료로서도 가치가 크다.