한국 재림 교회사 자료, 성서 고고학 관련 자료, 창조 과학자료, 삼육대학교 발전사자료, 한국역사 및 문화자료를 발굴, 수집, 연구, 정리, 전시하여 삼육대학교의 학생들의 교육 및 학문 발전과 재림 교회 발전에 공헌하기 위해 설립되었다.
삼육대학교박물관의 출발은 김건호의 소장품 기증에서 비롯되었다. 약 5개월 동안의 준비과정을 거쳐서 2000년 7월 1일에 박물관을 열었으며 같은 해 10월 10일 본교의 개교 94주년 기념일을 기하여 본 박물관의 공식적인 개관을 하게 되었다.
자료조사, 답사, 발굴 및 자료의 구입과 수증, 교환, 소장품의 보존 관리, 정리 및 소장품의 전시, 연구, 홍보교육 및 기타 박물관의 목적 달성에 필요한 사업들을 함께 수행하고 있다.
조직은 관장아래 학예연구부과 유물관리부를 두어, 연구팀은 유물 연구, 유물 조사 및 발굴과 교육업무를 수행하고 있으며 관리팀은 박물관 수장유물들을 보관, 진열, 전시함과 동시에 보존처리, 수리, 복원작업 및 기증 유물들을 관장하고 있다.
현재 박물관은 총 400m²의 부지 면적에 수장과, 연구실, 전시실들을 포함하고 있고 현재 소장하고 있는 자료는 총 17,007점이며 이 중 700여 점을 전시 중에 있다.
본 박물관은 2003년 10월 10일 성서유물 특별 전시회를 시작으로 2005년 10월 10일 개교 99주년 기념 삼송 김건호 기증유물 및 성서관련유물 특별전, 2006년 10월 10일 개교 100주년 기념 역사자료 및 사진전시회 등 다양한 전시회를 통해 학생들과 지역사회에 역사의 중요성과 선대 조상들의 지혜를 소개하고 있다.
일반역사 자료실에는 한국의 고고 역사 자료들 즉 고대의 유물들과 미술품 그리고 민속자료들이 전시되어 있고 성서고고학 자료실에는 성서 및 성지에 관련된 여러 가지 고고학 및 인류학 자료들이 전시될 예정이다. 여기에는 성경 사본들과 번역의 역사를 보여주는 자료들도 포함하고 있다. 한국재림교회사 및 대학발전사 자료실에는 전반적인 기독교 역사 자료 특히 제칠일안식일예수재림교회의 역사 자료와 본 대학교의 발전사 자료들이 일부 전시되어 있다.
마지막으로 자연사(창조과학) 자료실에는 자연계의 각종 동식물, 조류 및 물고기 등의 화석류 및 창조과학 자료들을 전시하고 있다. 이외에도 박물관에서는 한국 초기의 카메라들을 소개하는 카메라 전시실을 운영하고 있다.
삼육대학교박물관은 특수박물관으로서, 다양한 대학박물관들이나 문화시설들과 연계하여 지역사회에 한국 전통 문화 및 기독교 문화에 관한 종합 사회 교육시설로서의 역할을 담당해 오고 있다. 다양한 문화체험 프로그램, 각종 전시회를 통하여 서울시 노원구와 경기도 남양주시 및 구리시 지역사회의 일반인들에게 문화서비스를 제공하는 문화의 허브가 될 것이다.