미개하고 야만적인 대륙으로 잘못 인식된 아프리카에 대한 선입견을 바로 잡고 아프리카인의 생활과 문화를 간접적으로나마 체험할 수 있도록 설립되었다. 1998년 11월 서울 종로구 동숭동에서 개관하였고 2005년 4월 제주도특별자치도 서귀포시에 박물관을 신축하여 이전하였다.
전시실에는 아프리카 문화와 풍습을 보다 객관적으로 바라보며 친근하게 경험할 수 있도록 18세기에서 20세기 초까지의 아프리카 미술품을 전시하고 있으며 국내외 동시대 작가들의 아프리카를 주제로 한 현대작품들을 소개하고 있다. 제1전시실에는 사진작가 김중만의 작품이 전시되어 있으며 제2전시실에는 아프리카 조각 및 가면, 그리고 아프리카 전통 가옥 등이 전시되어 있다. 아울러 여러 체험 프로그램을 통해 전시된 작품들과 관람객들 간의 친밀한 교류를 제공하고 있다.