충남대학교내 자연사 관련 연구실에 분산, 축적된 자료들을 집대성하여, 이를 보관, 전시하여 연구자, 학생, 지역사회에 자연학습의 장을 제공하고자 설립되었다. 고유한 유산인 각종 생물, 무생물 등의 자연자원을 통한 새로운 신소재의 개발 가능성의 증대, 각종 외래 동식물, 곤충들의 침입에 대한 토착종의 보존 연구, 그리고 각종 농작물의 유전자원개발과 화분매개 등을 통한 지속 가능한 자연 보존형 농업개발이 증대되고 있는 시점에서 충남대학교자연사박물관은 청소년들 및 지역주민들의 자연환경에 대한 관심과 자연생태계의 일원으로서 삶을 살아간다는 정서를 고취시키고자 한다.
1994년 충남대학교자연사박물관 추진위원회가 결성되어 계획이 수립되었고 2004년 9월 13일 개관하였다. 2005년 3월 박물관으로 등록되었다.
대덕홀 지하 1층에 전시실, 수장고, 자료실, 학예실 및 행정실로 구성되어 있으며 전시실은 지질분야와 생물분야로 구분하여 전시되고 있다. 소장품으로는 암석, 광물, 화석, 곤충, 어류, 해조류, 관속식물, 조류, 포유류, 미생물 등 총 4,513점을 보유하고 있다. 전시 외에 초등학생 대상으로 매월 4회 교육프로그램을 진행하고 있다.
각 자연사 분야별로 연구 또는 교육 목적으로 지속적인 표본 채집 및 전시활동으로 국내 자연사표본을 확보하고 있다. 특히 관련기관(국가생물다양성 기관)과 협력하여 표본조사활동 및 생물다양성을 위한 생물종의 DB구축을 진행하고 있다. 또한 단순히 표본을 전시만 하는 수동적인 박물관이 아니라 교육프로그램을 운영하여 지역사회의 초․중․고생 뿐 아니라 자연을 사랑하고 가꾸고 보존하는 많은 시민들의 체험교육의 장 및 휴식공간을 제공하고 있다. 그리고 과거의 자연환경과 현재를 비교할 수 있을 뿐만 아니라 환경을 이해하고 조화롭게 살기 위해 앞으로 대비해야 할 연구와 교육의 산 체험장으로 그 역할을 담당하고자 한다.