1988년 보물로 지정되었다. 『대불정여래밀인수증료의제보살만행수능엄경(大佛頂如來密因修證了義諸菩薩萬行首楞嚴經)』은 당나라 반자밀제(般刺蜜帝)가 처음 한역하고 송나라 승려 계환(戒環)이 요점을 뽑아 주해한 불경이며 『능엄경』으로 약칭한다. 『능엄경』 언해본은 계환의 요해(要解)에 세조가 구결을 한글로 달고 이에 따라 한계희(韓繼禧) · 김수온(金守溫) 등이 번역함으로써 이루어진 책이다.
『금강경』 · 『원각경』 · 『대승기신론』과 함께 불교 전문강원의 사교과(四敎科) 과목으로 채택하여 학습되었다. 여러 차례 간행되어 배포되었고, 현재까지 남아있는 판본도 매우 다양하다.
세조 즉위 원년(1455)에 강희안(姜希顔)의 글씨를 바탕글자로 삼고 동(銅)으로 주성하게 한 을해자와 을해자한글자로 세조 6년(1461)에 간행한 책이다.
권10 말에 수록된 어제발언해주(御製跋諺解註)에 의하면, 번역하는 데에는 세조가 직접 구결을 달았고 이에 의거하여 한계희 · 김수온이 번역하였으며 박건(朴楗) · 윤필상(尹弼商) · 노사신(盧思愼) · 정효상(鄭孝常) 등이 비교 교열하고, 영순군 이부(李溥)는 체제를 결정하였으며, 조변안(曹變安) · 조지(趙祉)는 한자음 표기를 하고, 신미(信眉) · 사지(思智) · 학열(學悅) · 학조(學祖) 등이 교정하여 세조가 확정하고, 조씨두대(曹氏豆大)가 낭독하였던 것으로 되어 있다. 인쇄는 세조 6년(1461) 9월에 교서관에서 주자(鑄字)로 400벌을 인쇄하라 명하고 10월에 인쇄가 모두 끝나서 반포되었다.
1책.(권3) 서울역사박물관 소장으로 1988년 보물로 지정된 권4와 함께 제책되었을 가능성이 높다. 형태사항은 사주단변(四周單邊)이고, 반광(半匡) 크기는 27.5㎝×20.0㎝이다. 본문에는 계선(界線)이 있고, 9행에 대자17자, 중자21자, 소자쌍행21자로 되어 있다. 판심은 상하백구(上下白口), 상하내향흑어미(上下內向黑魚尾)이다. 모두 102장으로 첫 장이 결락되었고, 이음종이를 사용하였으며, 붉은 글씨로 교정한 기록이 있다. 마지막장에는 음석(音釋)이 수록되어 있다.
권3의 주 내용은 세간(世間)의 만법(萬法)이 모두 마음의 영원불멸성을 깨우치는 것임을 설하는 것이다. 책의 체제는 크게 한문 원문과 언해문으로 나뉘어지고, 한문 원문은 경전의 본문과 계환의 주해문으로, 언해문도 원전의 언해문과 주해문의 언해문으로 나뉘어지며, 한문원문의 각 구절마다 한글 구결이 쓰여지고 있다. 언해는 한자를 크게 쓰고 한글로 토를 작게 달은 뒤에 번역을 2줄로 싣는 방식이다.
15세기 우리말의 양상을 확인할 수 있는 중요한 자료이며, 인쇄문화사적 연구가치가 높다. 1461년 간행의 을해자본 능엄경언해는 최근에 계속 발견되어 전10권이 모두 전해지며 대부분 국가지정유산으로 지정되어 있다.