한국기독교총연합회는 1989년 한국 기독교의 보수, 복음주의적인 교단들이 모여서 만든 연합기관이다. 진보적인 연합기관인 한국기독교교회협의회가 한국 교회의 반공적 입장을 비판한 것을 계기로 시작된 보수 · 복음주의 연합운동의 결과이다. 출범 이후 봉사 활동, 이단 심사, 보수적 전통 윤리 수호, 북한 선교 및 인도적 지원 등의 활동을 하였다. 2000년대 들어 보수적 정치 세력화를 강하게 추구하였다. 이후 내부 갈등의 심화로 지속적으로 약화되고 있다. 한때 보수적 기독교를 대표하는 기관이었으나 현재는 대표성을 상실하였다.
한국 교회는 초기부터 성서의 권위와 체험적인 신앙을 강조하는 주1를 주장했고, 해방 이후에는 주2을 외치며 자유 대한민국을 건설하는 데 기여하였다. 하지만 한국의 대표적인 연합기관인 ‘ 한국기독교교회협의회’가 이런 전통적인 한국 교회의 입장과 거리를 갖게 되자 1989년 한경직 목사를 대표로 하는 기독교 지도자들이 모여서 복음주의적인 입장에서 정부와 사회에 한국 기독교를 대변하고, 한국 교회의 연합과 발전을 위해서 노력하고자 한국기독교총연합회(한기총)를 만들었다.
1988년 2월 진보적인 연합기관인 한국기독교교회협의회가 한국 교회의 반공적 입장을 비판하자, 여기에 반발한 기독교 지도자들이 1989년 한기총을 만들어서 대다수의 한국 교회를 대변하는 보수 · 복음주의적인 연합운동을 시작하였다. 당시 한기총이 출범과 함께 힘쓴 것은 봉사 활동이었는데, ‘쌀 나누기 운동’을 통하여 국내의 어려운 이웃, 굶주린 북한 동포, 그리고 주3의 어려운 사람들에게 이를 전달하였다.
한기총은 한국 기독교의 연합기관으로서 이단으로부터 기독교를 보호하는 것을 매우 중요한 사명으로 생각하였다. 특히 주4가 한국 종교의 주류에 등장하는 것을 막기 위해서 노력하였으며, 새로운 주5가 등장할 때 정통성 여부를 심사하였다. 한기총은 한국 사회의 전통 윤리 수호를 주장하였기 때문에 이와 관련된 활동으로 주6 폐지 반대, 낙태 인정 반대, 순결 서약 강조, 동성애 반대와 같은 전통적인 가치를 지키는 캠페인을 벌이기도 하였다.
또한 한국 교회를 대표해서 정부에 기독교의 의견을 전달하는 창구 역할을 하였다. 이와 관련해서 한국기독교총연합회는 도시 재개발 지역에서의 개척 주7 권익 보호, 무속 신앙 조장 반대, 단군상 건립 반대, 사립 주8의 자율성 보장, 역사 교과서의 공정한 기독교 서술 문제 등을 요구하였다. 특히 정부와 협력하여 기독교 소망교도소를 만들어 민간 주도의 주9 사업을 시작할 수 있는 계기를 마련하였다. 그 외에도 북한에 선교하기 위해 북한 교회 재건 운동, 탈북자 돕기, 북한 인권 문제 등에 깊은 관심을 기울이며, 북한 선교와 인도적인 차원에서의 북한 지원에 힘쓰고 있다.
한기총이 한국 사회에서 중요하게 부각된 배경은 대한민국의 정체성과 북한 문제 때문이었다. 한기총은 자유 주10와 시장 주11를 중심으로 하는 대한민국의 정체성을 강조하는 한편, 북한의 핵보유와 독재 주12를 강력하게 비판하며 한국 사회의 중요한 보수 세력의 한 축을 이루었다. 특히 2003년 3월 1일 ‘반핵반김국민대회’와 ‘구국금식기도회’에 10만 명이 넘는 대규모 군중을 동원하면서 더욱 보수적인 정치 세력화를 추구하였다. 이후 이명박 대통령 당선 지지 운동, 기독교정당 창당 지원 활동, 뉴라이트 기독교연합 창립 등의 정치 행보를 이어갔다.
한국 기독교의 주13, 단체, 그리고 주14들이 모인 연합 기관으로서 2009년 당시 66개 교단과 21개 단체가 가입되어 있었다. 그러나 이미 이때부터 기독교 내에서도 ‘한기총 개혁을 위한 기독인 네트워크’가 조직될 정도로 비판의 대상이 되었다. 2011년 대표 회장 선거를 둘러싼 갈등 때문에 많은 회원 교단들이 한기총을 탈퇴하여 한국교회연합이라는 새로운 단체를 조직하면서 한기총은 결정적으로 쇠퇴하기 시작했다. 이후 이단 시비 단체의 회원 영입, 정관 개정 등을 둘러싸고 갈등이 빚어지며 지속적으로 약화되었다. 한국교회연합, 그리고 기독교연합 단체의 통합을 표명한 한국교회총연합과의 기구 통합 움직임이 꾸준히 있었지만 한기총 회원의 이단 문제로 실패하였다.
한기총은 한국 기독교의 주된 흐름인 보수, 복음주의를 대표하여 한국 사회의 기독교를 대변하고 기독교계의 이익을 지키는 방패 역할을 하였다는 평가를 받아왔다. 그러나 최근에는 규모면에서 한기총을 압도하는 한국교회총연합이 조직되면서 대표성을 상실하였다. 교회개혁실천연대와 기독교윤리실천운동 같은 기독교 시민단체들로부터 ‘교회와 사회로부터 신임을 잃은 지 오래된 한국교회 내에서 정치적으로 치우친 소수 집단에 불과’하다는 평가를 받고 있으며 2000년대 이후 한국 기독교의 사회적 주15 주16에 책임이 있다는 지적을 받고 있다.