1909년 북장로교 선교사 웰번(Arthur G. Welbon)과 김영옥에 의해 세워진 안동교회는 경상북도 북부지역 개신교의 효시이다.
안동지역의 선교는 미국 북장로교 선교사들이 개척했다. 1890년대 중반 부산의 베어드(William M. Baird), 1902년 대구의 아담스(James E. Adams) 등이 지방을 순회하면서 안동을 방문했었고, 1903년부터 대구의 선교사들이 안동을 순회하면서 전도하였다. 1908년 11월 김병우 등이 안동에 파송되어 서문밖(대석동)에 5칸짜리 초가집을 구입하고 ‘기독서원’이라는 간판을 내걸었다. 당시 양반문화의 본고장에서 서원 간판을 건 책방은 효과적이었다.
바로 이곳에서 1909년 8월 8일 일요일부터 예배가 시작되었는데, 이것이 안동교회의 출발이다. 김병우의 뒤를 이어 1909년 11월 황해도 소래교회 출신 김영옥이 웰번(Arthur G. Welbon)과 함께 들어와 전도하였다. 김영옥은 안동교회 초대 목사가 되었고, 교회는 안동진영 터(안동시 광석동)의 초가 예배당을 거쳐, 1913년 현재 위치에 50칸 함석예배당을 짓게 되었다.
안동선교의 개척자인 웰번 후임으로 안동에 들어온 선교사들로는 의료선교사 플레처(Archibald G. Fletcher)와 크로더스(John Y. Crothers)가 있다. 플레처는 성소병원을 시작했고, 크로더스는 그 후 40여 년간 안동에서 활동하였다. 또한 북장로교 선교사들은 안동교회를 위시하여 성소병원과 계명학교를 설립하여 지역근대화에 앞장섰다.
안동시청 옆에 자리한 안동교회는 육중한 화강암을 하나하나 다듬어 지은 석조예배당을 갖고 있다. 1913년 지은 함석예배당이 교인의 증가로 비좁게 되자, 1937년 새로 지은 275평의 2층 건물로 옮겨 지금도 견고한 옛 모습을 간직하고 있다. 그런데 이 예배당에는 첨탑 형태의 십자가 종탑이 없다. 그 대신 지붕을 완만한 삼각 형태로 쌓은 후 그 꼭지점에 작은 돌십자가를 올려놓았다. 안동교회는 2009년 8월 설립 100주년을 맞아 석조예배당 오른쪽 옆에 100주년기념관을 완공하였다.