행주서원은 원래 기공사(紀功祠)라는 명칭으로 1842년(헌종 8)에 왕명에 의해 건립되었다. 임진왜란 3대첩의 하나인 행주대첩(幸州大捷)을 승리로 이끈 충장공(忠莊公) 권율(權慄, 1537∼1599)을 배향한 곳이다. 행주서원지(幸州書院址)는 1985년 9월 20일에 경기도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정되었다.
1842년에 기공사로 건립되어 1843년(헌종 9)에 사액을 받았다. 흥선대원군의 서원 철폐령에도 보존된 47개의 서원과 사(祠) 중의 하나이다. 후에 행주서원으로 발전하였는데, 한국전쟁 때 소실되었다가 1988년에 강당을 건립하고 1997년에 사당을 복원하여 기공사라 편액하였다.
외삼문의 서원 현판은 조선 후기의 무신이자 외교가로 글씨와 문장에 뛰어났던 신헌(申櫶)이 썼다. 외삼문 양쪽에는 행랑을 1칸씩 두었다. 강당은 정면 5칸, 측면 1칸 반의 홑처마 맞배지붕으로 구성되어 있다. 중앙 3칸은 우물마루로 되어있고, 양쪽에 각각 1칸씩 온돌방을 배치하였다. 내삼문인 충의문(忠義門)을 들어서면 기공사가 있고 그 좌측에 행주대첩비가 있다.
행주대첩비는 1845년(헌종 11)에 세운 것으로, 1970년 주추만 남아 있는 기공사를 대신하여 행주산성 안에 새로 지은 권율 장군의 사당인 충장사(忠莊祠) 옆으로 옮겨놓았다가 행주서원이 재건되면서 2011년에 원래의 위치로 이건하였다. 향사일은 양력 4월 15일과 9월 15일이다.