묘지사(妙智寺)의 창건주와 연혁은 전하지 않는다. 고려시대에 원종(元宗)이 마니산 참성단(塹城壇)에 제사를 올리러 갈 때 들렸던 사찰로 기록되어 있다.
『고려사(高麗史)』에 의하면 1264년(고려 원종 5) 원종이 강화도 삼랑성(三郎城)에 행차하여 오성도량(五星道場)을 베푼 후 묘지사에 들려 참성단에 직접 제사를 올렸다고 한다. 이후 묘지사에 관한 별다른 기록은 없고, 17세기 말 이형상(李衡祥, 1653-1733)이 편찬한 『강도지(江都志)』에는 폐사된 절로 나온다.
고려가 강화도로 천도한 시기에는 강도(江都)의 주요 사찰중 하나였다. 현재 절터에는 축대 일부만이 남아 있다.