정부출연연구기관은 정부가 출연하고 연구를 주된 목적으로 하는 기관이다. 정부가 설립과 운영에 필요한 자금을 지원하지만 법적으로 민간법인인 연구소 형태이다. 1966년 한국과학기술연구소(현 한국과학기술연구원)가 설립되면서 처음 등장했으며, 이후 과학기술 및 사회·경제 분야의 여러 연구소들이 세워지면서 한국을 대표하는 연구소 체제로 자리잡았다. 과학기술 분야 연구기관은 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」로, 그 외 분야는 「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 근거를 두고 있다.

홍릉연구단지는 연구기관과 대학이 한곳에 모인 한국의 첫 번째 연구단지이다. 임업시험장이 있던 홍릉에 1960년대 후반 한국과학기술연구소와 한국과학기술정보센터가 설립되었고, 1971년 한국과학원, 한국개발연구원, 국방과학연구소가 들어서면서 홍릉은 한국의 첫 번째 연구단지가 되었다. ‘서울연구개발단지’로 불린 홍릉연구단지는 과학기술에서 경제까지 한국을 대표하는 연구기관이 모여 경제·사회 발전을 위한 싱크탱크 역할을 했다. 2020년 디지털 헬스케어를 특화 분야로 한 국내 최초의 강소연구개발특구로 지정되면서 새로운 발전을 모색하고 있다.