2001년 1월 29일 정부조직법의 개정으로 여성부가 설치되었다.
여성부 설립 당시 여성정책의 기획·조정, 가정폭력·성폭력방지 및 피해자보호, 윤락행위방지, 남녀차별금지·구제 등 여성 지위 향상에 관한 사무를 관장하고 있으며, 이를 위하여 장관(국무위원)·차관 외에 공보관, 총무과, 여성정책실(기획관리과·정책총괄과·정책개발평가담당관·인력개발담당관, 기획관리심의관), 차별개선국(조사1과·조사2과), 권익증진국(권익기획과·폭력방지과), 대외협력국(협력지원과·국제협력담당관)을 두고 있었다.
물론 여성부의 설치 이전에 정부가 여성문제에 관심을 두지 않은 것은 아니다. 유교적 전통 때문에 여성의 지위가 상당히 낮은 우리 나라의 현실을 무시할 수 없었기 때문이다. 1948년 8월 정부수립 때 사회부에 부녀국(婦女局, 지도자·보호과)를 둔 이후 1955년 사회부가 보건부와 보건사회부로 통합되고, 1994년 보건사회부가 보건복지부로 개편되면서 부녀아동국, 가정복지국 또는 사회복지정책실 가정복지심의관을 두어 여성, 특히 여성복지문제를 담당하게 하였다.
제6공화국이 시작된 1988년 2월에는 6년 만에 정무제2장관제도를 부활하여 여성문제에 중점을 두도록 한 바 있고, 국민의 정부가 출범한 1998년 2월에는 대통령직속으로 여성특별위원회를 설치하여 여성정책의 기획·종합 등 여성의 지위향상을 위한 업무를 수행하도록 한 바 있다.
그러나 사회부나 보건사회부, 보건복지부의 여성업무는 여성의 복지·구호 등에 관심을 두고 적극적인 여성의 지위향상에는 미치지 못하였으며, 정무장관은 그 성격상 직접적인 집행 기능을 수행할 수는 없었고, 다른 부처나 정당·사회단체간의 협의·조정에 초점을 맞추었다.
1998년 2월의 여성특별위원회의 경우는 여성정책에 관한 종합적인 기획·조정업무를 행하도록 한 뒤 남녀차별 금지업무를 추가하였다.
그러나 위원회 조직으로는 여성지위향상에 미흡하다는 지적이 계속되었고, 2000년 1월 대통령 김대중(金大中)은 새천년 신년사에서 여성부의 신설 필요성을 강조하였는바, 그 뒤 1년 후에 여성부가 발족된 셈이다.
여성부 신설에 따라 종전의 여성특별위원회의 업무 외에 보건복지부로부터 가정폭력·성폭력피해자의 보호, 윤락행위방지업무를 이관받았다.
이에 따라 여성부는 종전의 여성정책의 기획·종합을 주 업무로 하던 것에서 벗어나 여성의 인적자원개발, 남녀평등사회 구현을 위한 차별 폐지, 여성에 대한 각종 폭력방지 등 여성관련 사무를 종합관장하는 부서가 되었다.
저출산, 고령화 사회로 접어들면서 전통적 가족구조와 역할이 변화하고 가족해체 문제가 심각해지면서, 이를 예방하고 새롭게 형성되는 다양한 형태의 가족이 가족공동체의 역할을 할 수 있도록 지원하는 일이 시급해짐에 따라, 정부조직법을 개정하여 여성부가 수행하는 기능 이외에 통합적 가족정책을 수립하고 각 부처의 가족정책을 조정ㆍ지원하는 기능을 수행할 수 있도록 2005년 6월 여성가족부로 개편하였다. 그러나 2008년 2월 정부조직법 개정으로 가족 및 보육정책 기능은 보건복지가족부로 이관되었고, 여성정책의 종합ㆍ조정, 여성의 권익증진 등 지위향상 기능을 담당하는 여성부로 개편되었다. 이후 2010년 3월 가족 해체 및 다문화 가족 등 현안 사항에 적극 대응하기 위하여 보건복지가족부의 청소년 및 다문화 가족을 포함한 가족 기능을 이관 받아 여성부는 다시 여성가족부로 개편되어 현재에 이르고 있다.