이 행사는 매년 5월 5일부터 3일 간 펼쳐진다. 1967년부터 시작되어 1998년 현재 32회에 이르고 있다. 1967년 제1회 진남제에서부터 거북선 모형이 처음 등장하여 축제의 성격을 잘 보여주었다. 축제의 목적은 선현들의 호국정신을 기리고, 전통예술을 계승 발전시키고자 하는 데 있다. 진남제는 진남(鎭南), 곧 남쪽바다를 제압했던 호국정신을 향토문화제로 발전시킨 것이다. 초기에는 관 주도로 축제가 이루어지다가 1975년 제9회 때부터 민간 주도로 바뀌었고, 1977년 제11회 축제 때부터 ‘진남제보존회’가 설립되어 행사를 주관해 오고 있다.
첫날에는 전야제가 이루어지는데, 이때 봉산동에 있는 영당(影堂)에서 고유제를 모신다. 영당에서는 고려말 왜구를 물리쳤던 최영(崔瑩)장군과 임진왜란 때 활약했던 이순신(李舜臣)장군·정운(鄭運)장군·이대원(李大源)장군을 향하여 절하고 있다.
다음날 아침에는 충무공 동상과 수군 위령탑을 참배하고 거북선과 이순신장군 영거·조선수군행렬·가장행렬 등이 시가지를 행진한다.
중요 내용은 여수시 국동 어항에서 이루어지는데, 가장행렬·용줄다리기·용왕맞이·풍어굿·소동패놀이·강강술래·씨름·그네·널뛰기·윷놀이·농악·국악잔치 등의 민속공연과 이충무공의 유적지 순례 등의 다양한 행사들이 펼쳐진다.
여수는 임진왜란 때 전라좌수영의 본진이 있던 곳으로 이순신과 조선 수군의 위업과 정신이 깃들어 있는 곳이다. 2001년 국보로 지정된 진남관(鎭南館)은 그것을 대표하는 유물 이름이기도 하다. 이런 까닭에 진남제는 단순한 시민축제에 그치지 않고, 호국정신을 문화제로 승화시켜 호국의 얼을 되새기고 민족정기를 드높이는 의의를 지니고 있다.