1982년 충청북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 정면 7칸, 측면 4칸 규모의 겹처마 익공식(翼工式) 팔작지붕 건물이다. 조선시대의 청주목 관아건물은 동헌을 비롯하여 객관, 향사당 · 청연당(淸讌堂) 등 많은 건물이 있었으나, 현재는 외아(外衙)로 쓰이던 것으로 보이는 청녕각(淸寧閣) 건물 한 채만 남고 모두 없어졌다.
조선시대 청주 목사(牧使)가 업무를 보던 청주목 관아인 ‘청주동헌(淸州東軒)’의 창건시기는 1734년(영조 10)에 서원현감 이병정이 10칸 규모로 창건한 것으로 알려져 있었다. 그러나 2007년 해체, 수리과정에서 발견된 상량문에 의하면 1656년(효종 7) 5월 24일 목사 심황이 초창했으며, 이후 1732년(영조 8) 목사 이병정이 중수하고, 1825년(순조 25) 목사 이덕수에 의해 중창된 것으로 밝혀졌다. 또한 상량문을 작성한 시기는 이덕수에 의해 중창된 1825년 5월 4일로 기록돼 있으며, 당초 건물을 해체했을 때 초창 당시 상량기록이 나타났을 것으로 추정되지만 상태가 좋지 않아 중창과 중수의 기록을 옮겨 쓴 것으로 보인다. 1단으로 알려졌던 기단(基壇: 건축물의 터전이 되는 단) 역시 건물 앞면은 3단, 뒷면은 2단이었던 것으로 새롭게 확인되었다.
청주목사가 있던 관아의 동헌 건물로는 격식이 낮고 왜소해 보이는 감이 있으나 조선 후기의 지방관아 건축을 원형대로 보여주는 귀중한 자료이며, 이를 중심으로 배치되었던 관아의 전체구조를 알려주는 자료로서도 매우 중요시된다. 현재는 청주시 상당구청의 현대식 건물 뒤에 가려 있고 군청사의 일부로 이용되어 창호, 천장 등이 모두 개조되어 있다.